Constuçao do perfil de espressao genica da resistencia a seca do café a partir de dados de sequenciamento de segunda geraçao
Para estudar os mecanismos moleculares envolvidos na resistência à seca em plantas de café, meristemas de ramos plagiotrópicos dos cultivares de Coffea arabica, IAPAR59 (I59 - planta com provável resistência à seca) e Rubi (R - planta com pouca resistência à seca) crescidas em condições normais (I) e de estresse hídrico (NI) foram coletados e usados para construção de bibliotecas de cDNA que foram sequenciados usando a plataforma GS-FLX Titanium da Roche. Após tratamento dos dados brutos, foram obtidas 207.516, 109.005, 250.413 e 173.693 reads das amostras de I59-I, I59-NI, R-I e R-NI, respectivamente, totalizando mais de 255 Mb. Todas essas bibliotecas foram mapeadas no transcriptoma de Coffea arabica para identificação indireta da expressão de cada gene para cada condição. Do transcriptoma total formado por 55578 contigs, 48730 contigs tiveram reads mapeados e 7899 novos contigs foram formados. Com o banco de dados é possível identificar genes e grupos de genes expressos exclusivamente por uma espécie ou outra, em condição de estresse hídrico ou não. Esses são os primeiros dados de meristema de café submetidos a estresse hídrico, os resultados dessa comparação serão apresentados como dados preliminares de um northern eletrônico para identificação de genes diferencialmente expressos em ambos os cultivares em ambas as condições.
| Main Authors: | , , , , , , , |
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| Format: | conference_item biblioteca |
| Language: | por |
| Published: |
EMBRAPA
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| Subjects: | F30 - Génétique et amélioration des plantes, H50 - Troubles divers des plantes, Coffea arabica, résistance à la sécheresse, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1721, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2392, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1070, |
| Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/560910/ http://agritrop.cirad.fr/560910/1/document_560910.pdf |
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