Comparación de la exactitud de valores genómicos de animales predichos a través del análisis con dos modelos alternativos
El valor genómico es la mejor predicción del valor genotípico de un animal, cuya exactitud varía en función de varios factores. Los objetivos de este estudio fueron, mediante simulación, comparar la exactitud de los valores genómicos de animales predichos a través del análisis con dos modelos alternativos, y obtener la correlación genética entre estos y los valores genéticos verdaderos simulados. Una población con tamaño efectivo de 800 individuos fue simulada y se usaron 100 generaciones para generar desequilibrio de ligamiento. Después se simuló otra población con 14 generaciones, un panel de 53 010 polimorfismos de nucleótido simple (SNP's) ubicados aleatoriamente en 30 cromosomas y 540 loci de características cuantitativas. También se simularon los genotipos y fenotipos de 6400 animales usando una heredabilidad=0.40 y considerando solamente los efectos aditivos. Cuatro conjuntos de valores moleculares fueron entrenados con los marcadores SNP's de las generaciones 7 a 10, y los correspondientes valores genéticos ajustados. Cuando la población de entrenamiento (PEn) tuvo tamaño mayor, los estimadores de exactitud (R²) fueron mayores. Similarmente, cuando la población de evaluación (PEv) estuvo más cerca a la PEn, los estimadores de R² fueron mayores y se fueron reduciendo cuando la distancia entre PEn y PEv se incrementaba. El estimador de la varianza del error de predicción (PEV) fue menor (0.15±0.01) cuando PEn y PEv estuvieron más cerca, independientemente del tamaño de PEn, generación 10 para PEn y generación 11 para PEv. Por el contrario, el PEV mayor (0.29±0.02) se obtuvo cuando la PEn incluyó los animales de la generación siete y se evaluó la generación 14; es decir, cuando la distancia entre PEn y PEv era mayor.
| Main Authors: | , , , , , |
|---|---|
| Format: | Digital revista |
| Language: | Spanish / Castilian |
| Published: |
Colegio de Postgraduados
2015
|
| Online Access: | http://www.scielo.org.mx/scielo.php?script=sci_arttext&pid=S1405-31952015000600002 |
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| Summary: | El valor genómico es la mejor predicción del valor genotípico de un animal, cuya exactitud varía en función de varios factores. Los objetivos de este estudio fueron, mediante simulación, comparar la exactitud de los valores genómicos de animales predichos a través del análisis con dos modelos alternativos, y obtener la correlación genética entre estos y los valores genéticos verdaderos simulados. Una población con tamaño efectivo de 800 individuos fue simulada y se usaron 100 generaciones para generar desequilibrio de ligamiento. Después se simuló otra población con 14 generaciones, un panel de 53 010 polimorfismos de nucleótido simple (SNP's) ubicados aleatoriamente en 30 cromosomas y 540 loci de características cuantitativas. También se simularon los genotipos y fenotipos de 6400 animales usando una heredabilidad=0.40 y considerando solamente los efectos aditivos. Cuatro conjuntos de valores moleculares fueron entrenados con los marcadores SNP's de las generaciones 7 a 10, y los correspondientes valores genéticos ajustados. Cuando la población de entrenamiento (PEn) tuvo tamaño mayor, los estimadores de exactitud (R²) fueron mayores. Similarmente, cuando la población de evaluación (PEv) estuvo más cerca a la PEn, los estimadores de R² fueron mayores y se fueron reduciendo cuando la distancia entre PEn y PEv se incrementaba. El estimador de la varianza del error de predicción (PEV) fue menor (0.15±0.01) cuando PEn y PEv estuvieron más cerca, independientemente del tamaño de PEn, generación 10 para PEn y generación 11 para PEv. Por el contrario, el PEV mayor (0.29±0.02) se obtuvo cuando la PEn incluyó los animales de la generación siete y se evaluó la generación 14; es decir, cuando la distancia entre PEn y PEv era mayor. |
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