Nuclear and chloroplastic SNP markers for genetic studies of timber origin for Hymenaea trees

Nuclear and chloroplastic SNP markers for genetic studies of timber origin for Hymenaea trees

Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL (inserción/eliminación) nucleares y cloroplásticos utilizando la secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación genómica MiSeq de baja cobertura para establecer un método de seguimiento genético del origen geográfico de Hymenaea sp. A partir de dos conjuntos iniciales de 358 y 32 loci utilizados para genotipar al menos 94 individuos, se desarrolló un conjunto final de 75 nSNPs, 50 cpSNPs y 6 INDELs que identifican una estructura poblacional significativa.

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Bibliographic Details
Main Authors: Chaves, Camila L., Blanc‑Jolivet, Celine, Sebbenn, Alexandre M., Mader, Malte, Meyer‑Sand, Barbara R. V., Paredes Villanueva, Kathelyn, Honorio Coronado, Eurídice, García Dávila, Carmen, Tysklind, Niklas, Troispoux, Valerie, Massot, Marie, Degen, Bernd
Format: info:eu-repo/semantics/article biblioteca
Language:eng
Published: Springer Nature 2019-09
Subjects:ADN cloroplástico, Huellas genéticas ADN, Procedencia, Hymenaea, Genotipado,
Online Access:https://hdl.handle.net/20.500.12921/444
https://doi.org/10.1007/s12686-018-1077-1
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Description
Summary:Se desarrollaron marcadores de polimorfismo de nucleótido único (SNP) e INDEL (inserción/eliminación) nucleares y cloroplásticos utilizando la secuenciación de ADN asociada a la restricción (RADSeq) y la secuenciación genómica MiSeq de baja cobertura para establecer un método de seguimiento genético del origen geográfico de Hymenaea sp. A partir de dos conjuntos iniciales de 358 y 32 loci utilizados para genotipar al menos 94 individuos, se desarrolló un conjunto final de 75 nSNPs, 50 cpSNPs y 6 INDELs que identifican una estructura poblacional significativa.

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