Analyse de la variabilité génétique du virus de la mosaïque atténuée du bananier (BanMMV)
Le virus de la mosaïque atténuée du bananier (Banana mild mosaic virus, BanMMV), membre de la famille des Flexiviridae, est à l'origine de contraintes sanitaires importantes pour les échanges de germplasme bananier. Il cause peu de symptômes en infection simple mais peut provoquer des nécroses sévères lors d'infections mixtes. Peu de données sont actuellement disponibles sur la diversité génétique des populations de ce virus et sur son épidémiologie, notamment sur l'existence d'un vecteur biologique. Un test de détection par immunocapture-reverse transcription-nested PCR a été mis au point. Le fragment amplifié par PCR, qui correspond à une partie de l'ORF1 codant l'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp) comportant les motifs III et IV conservés parmi les RdRp des virus à ARN de polarité positive, a été cloné pour 69 accessions de provenances géographiques variées. De 1 à 7 clones ont été sequencés pour chacune des accessions étudiées, générant un ensemble de 154 séquences. L'analyse de ces dernières a montré que la région de 310 nt étudiée présente un niveau de diversité très important, caractérisé par l'accumulation de mutations synonymes à un taux jusqu'alors inconnu chez les virus de plantes. Une analyse similaire a été effectuée pour une sélection de 10 des accessions étudiées, sur une partie de la séquence codante de l'ORF5, qui code la protéine de capside (CP), et sur la séquence 3' non codante (3'NCR). Elle a permis de constater que les niveaux de diversité des séquences codantes RdRp et CP sont équivalents mais que ceux mesurés dans la 3'NCR sont en revanche significativement inférieurs, montrant que les régions codantes et non codantes étudiées font l'objet de pressions de sélection différentes. Par ailleurs, ces travaux ont démontré une absence de structuration de la diversité par le génotype des accessions ou leur origine géographique. En revanche, l'analyse fine de la répartition physique des isolats de la collection de Musa du CIRAD Guadeloupe a fourni pour la première fois des données sur l'existence d'une transmission de plante à plante du BanMMV. Enfin, l'analyse des niveaux de diversité observés entre isolats infectant une même plante a montré l'existence de deux types de situations : soit la présence dans une plante de variants moléculairement très proches, soit une co-infection par des isolats très différents entre eux. L'implication possible de la diversité génétique et moléculaire observée dans l'échappement à des mécanismes de défense de la plante sera discutée. (Texte intégral)
| Main Authors: | , , , |
|---|---|
| Format: | conference_item biblioteca |
| Language: | fre |
| Published: |
CNRS
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| Subjects: | H20 - Maladies des plantes, F30 - Génétique et amélioration des plantes, |
| Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/540284/ |
| Tags: |
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| Summary: | Le virus de la mosaïque atténuée du bananier (Banana mild mosaic virus, BanMMV), membre de la famille des Flexiviridae, est à l'origine de contraintes sanitaires importantes pour les échanges de germplasme bananier. Il cause peu de symptômes en infection simple mais peut provoquer des nécroses sévères lors d'infections mixtes. Peu de données sont actuellement disponibles sur la diversité génétique des populations de ce virus et sur son épidémiologie, notamment sur l'existence d'un vecteur biologique. Un test de détection par immunocapture-reverse transcription-nested PCR a été mis au point. Le fragment amplifié par PCR, qui correspond à une partie de l'ORF1 codant l'ARN polymérase ARN dépendante (RdRp) comportant les motifs III et IV conservés parmi les RdRp des virus à ARN de polarité positive, a été cloné pour 69 accessions de provenances géographiques variées. De 1 à 7 clones ont été sequencés pour chacune des accessions étudiées, générant un ensemble de 154 séquences. L'analyse de ces dernières a montré que la région de 310 nt étudiée présente un niveau de diversité très important, caractérisé par l'accumulation de mutations synonymes à un taux jusqu'alors inconnu chez les virus de plantes. Une analyse similaire a été effectuée pour une sélection de 10 des accessions étudiées, sur une partie de la séquence codante de l'ORF5, qui code la protéine de capside (CP), et sur la séquence 3' non codante (3'NCR). Elle a permis de constater que les niveaux de diversité des séquences codantes RdRp et CP sont équivalents mais que ceux mesurés dans la 3'NCR sont en revanche significativement inférieurs, montrant que les régions codantes et non codantes étudiées font l'objet de pressions de sélection différentes. Par ailleurs, ces travaux ont démontré une absence de structuration de la diversité par le génotype des accessions ou leur origine géographique. En revanche, l'analyse fine de la répartition physique des isolats de la collection de Musa du CIRAD Guadeloupe a fourni pour la première fois des données sur l'existence d'une transmission de plante à plante du BanMMV. Enfin, l'analyse des niveaux de diversité observés entre isolats infectant une même plante a montré l'existence de deux types de situations : soit la présence dans une plante de variants moléculairement très proches, soit une co-infection par des isolats très différents entre eux. L'implication possible de la diversité génétique et moléculaire observée dans l'échappement à des mécanismes de défense de la plante sera discutée. (Texte intégral) |
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