Mise au point d'une méthode de détection par PCR de Ralstonia solacearum dans le sol : Influence du type de sol sur la conservation de la bactérie et de l'expression de son pouvoir pathogène sur plante sensible
Le flétrissement bactérien, provoqué par Ralstonia solanacerum, est l'une des maladies bactériennes les plus graves au niveau mondial. La maîtrise des réservoirs d'inoculum, composante de la lutte prophylactique, actuellement seul moyen efficace pour réduire l'incidence de la maladie n implique d'y pouvoir détecter les populations. Différentes méthodes d'extraction des bactéries du sol ont été utilisées, les meilleurs rendement d'extraction ont été obtenus par les méthodes de centrifugations et de gradient de Nycodenz. La détection par PCR de la bactérie donne des résultats très variales en fonction du protocole d'extraction d'ADN et du type de sol ; l'utilisation du kit QIamp est probablement la méthode la plus fiable, mais c'est également la plus coûteuse. L'ajout d'additifs est nécessaire pour pallier aux inhibitions de la PCR par certains éléments présents dans le sol. La survie dans le temps de R. solacearum est dépendante du biovar et du type de sol dans lequel elle se trouve ; aussi la conservation de la bactérie est différente dans un sol nu ou dans un sol portant des plantes sensibles. Enfin, l'étude du taux de flétrissement montre que la souche de biovar 2 est plus agressivee que celle de biovar 3 pour une concentration d'inoculum de 10(6) ufc/mL. (résumé auteur)
| Main Author: | |
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| Format: | thesis biblioteca |
| Language: | fre |
| Published: |
Université de Corse
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| Subjects: | H20 - Maladies des plantes, |
| Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/476386/ |
| Tags: |
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| Summary: | Le flétrissement bactérien, provoqué par Ralstonia solanacerum, est l'une des maladies bactériennes les plus graves au niveau mondial. La maîtrise des réservoirs d'inoculum, composante de la lutte prophylactique, actuellement seul moyen efficace pour réduire l'incidence de la maladie n implique d'y pouvoir détecter les populations. Différentes méthodes d'extraction des bactéries du sol ont été utilisées, les meilleurs rendement d'extraction ont été obtenus par les méthodes de centrifugations et de gradient de Nycodenz. La détection par PCR de la bactérie donne des résultats très variales en fonction du protocole d'extraction d'ADN et du type de sol ; l'utilisation du kit QIamp est probablement la méthode la plus fiable, mais c'est également la plus coûteuse. L'ajout d'additifs est nécessaire pour pallier aux inhibitions de la PCR par certains éléments présents dans le sol. La survie dans le temps de R. solacearum est dépendante du biovar et du type de sol dans lequel elle se trouve ; aussi la conservation de la bactérie est différente dans un sol nu ou dans un sol portant des plantes sensibles. Enfin, l'étude du taux de flétrissement montre que la souche de biovar 2 est plus agressivee que celle de biovar 3 pour une concentration d'inoculum de 10(6) ufc/mL. (résumé auteur) |
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