Sequenciamento dos transcritos de Piper nigrum L. infectada com Fusarium solani f.sp.piperis utilizando Plataforma de nova geração.

Neste trabalho nós extraímos o RNA total e isolamos o mRNA de raízes de Piper nigrum L. infectada com o fungo Fusarium solani f.sp. piperis na fase mais severa da infecção, para construção de uma biblioteca de fragmentos utilizando o método RNA-Seq. A biblioteca gerada foi sequenciada utilizando a plataforma de nova geração ?SOLiDTM 3 Plus System? (Applied Biosystems, EUA) produzindo 67.452.415 leituras com 50 pb. As leituras obtidas foram pré-processadas com softwares de Bioinformática para obtenção de leituras de alta qualidade. Para avaliar os dados pré-processados estatisticamente, foi utilizado o software FASTQC. Os resultados obtidos foram leituras com alta qualidade que serão usadas no processo de montagem, a fim de obter uma lista de transcritos de Planta expressos em resposta a infecção pelo patógeno.

Bibliographic Details

Main Authors:	MOREIRA, E. C. O., GORDO, S. M. da C., DARNET, S., RODRIGUES, S. M., SAMPAIO, I. da C.
Other Authors:	EDITH CIBELLE DE OLIVEIRA MOREIRA, UFPA; SHEILA MAYSA DA CUNHA GORDO, UFPA; SYLVAIN DARNET, UFPA; SIMONE DE MIRANDA RODRIGUES, CPATU; IRACILDA DA CUNHA SAMPAIO, UFPA.
Format:	Parte de livro biblioteca
Language:	pt_BR por
Published:	2013-02-25
Subjects:	Piper nigrum L, Bioinformática, Sequenciamento de nova geração.,
Online Access:	http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/951009
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