Anotação Genômica de Bradyrhizobium japonicum estirpes CPAC 15 e CPAC 7: Resultados parciais e sua importância para a cultura de soja.
O solo é um importante complexo onde encontram-se nutrientes essenciais para as plantas. A maioria das plantas necessita de grandes quantidades de nitrogênio, todavia, este em geral se encontra de forma pouco assimilável no solo. Contudo, existem bactérias que são capazes de fixar o nitrogênio atmosférico (N2), disponibilizando-o para as plantas através de uma relação simbiõtica. Dentre estes, destaca-se a espécie Bradyrhizobium japonicum, com as estirpes CPAC 15 (=SEMIA 5079) e CPAC 7 (=SEMIA 5080), as quais são amplamente utilizadas como inoculantes para a cultura da soja (Glycine max (L.) Merr.) no Brasil. O presente trabalho teve como objetivo realizar a anotação manual do genoma de ambas as estirpes. Para isso, as sequências obtidas foram submetidas à anotação e à montagem utilizando o software ?System for Automated Bacterial Integrated Annotation? (SABIA), que integra vários programas de domínio público. Foram definidas as coding sequences (CDSs), que foram classificadas como hipotéticas, hipotéticas conservadas, válidas e não válidas. Os resultados mostraram elevada similaridade entre ambas as estirpes, com pequena diferença na quantidade de CDSs relacionadas ao transporte transmembrana e replicação em reparo, as quais estavam em maior quantidade na estirpe CPAC 15, provavelmente devido ao seu destaque como maior competitividade. Cerca de 50% do genoma apresentou CDSs classificadas como hipotéticas, sendo então necessários mais estudos para determinar a função desses genes.
| Main Authors: | , , , , |
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| Other Authors: | |
| Format: | Parte de livro biblioteca |
| Language: | pt_BR por |
| Published: |
2012-09-27
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| Subjects: | Soja, Fixação de nitrogênio, Soybeans, Nitrogen fixation, |
| Online Access: | http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/934718 |
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| Summary: | O solo é um importante complexo onde encontram-se nutrientes essenciais para as plantas. A maioria das plantas necessita de grandes quantidades de nitrogênio, todavia, este em geral se encontra de forma pouco assimilável no solo. Contudo, existem bactérias que são capazes de fixar o nitrogênio atmosférico (N2), disponibilizando-o para as plantas através de uma relação simbiõtica. Dentre estes, destaca-se a espécie Bradyrhizobium japonicum, com as estirpes CPAC 15 (=SEMIA 5079) e CPAC 7 (=SEMIA 5080), as quais são amplamente utilizadas como inoculantes para a cultura da soja (Glycine max (L.) Merr.) no Brasil. O presente trabalho teve como objetivo realizar a anotação manual do genoma de ambas as estirpes. Para isso, as sequências obtidas foram submetidas à anotação e à montagem utilizando o software ?System for Automated Bacterial Integrated Annotation? (SABIA), que integra vários programas de domínio público. Foram definidas as coding sequences (CDSs), que foram classificadas como hipotéticas, hipotéticas conservadas, válidas e não válidas. Os resultados mostraram elevada similaridade entre ambas as estirpes, com pequena diferença na quantidade de CDSs relacionadas ao transporte transmembrana e replicação em reparo, as quais estavam em maior quantidade na estirpe CPAC 15, provavelmente devido ao seu destaque como maior competitividade. Cerca de 50% do genoma apresentou CDSs classificadas como hipotéticas, sendo então necessários mais estudos para determinar a função desses genes. |
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