Um software para extração de ESTs, CONTIGS e SINGLETS do CAFEST.

Uma das dificuldades encontrada atualmente para os usuários da base de dados do Projeto Brasileiro do Genoma Café (CafEST) é a dificuldade em extrair manualmente todas as sequências armazenadas em seus projetos, no sistema Gene Projects. A partir dessa necessidade, foi desenvolvido um software para fazer a automatização do processo. Desta forma, o usuário do CafEST passa a dispor da comodidade de apenas informar ao programa quais projetos ele deseja que tenham as ESTs, contigs ou singlets extraídos. O programa consiste em dois scripts, um para fazer a extração das ESTs e outro para fazer a extração dos contigs e dos singlets. Os dois scripts retiram do CafEST apenas as ESTs, os contigs e singlets e salvam cada um desses em um arquivo do tipo FASTA. Isto facilita o uso dos mesmos em outras bases de dados e/ou ferramentas de bioinformática

Bibliographic Details

Main Authors:	GUERRA, R. L., ALVARENGA, S. M., CAIXETA, E. T., GOULART, C. de C.
Other Authors:	RAFAEL LUCIANO GUERRA, UFV; SAMUEL MAZZINGHY ALVARENGA, UFV; EVELINE TEIXEIRA CAIXETA, SAPC; CARLOS DE CASTRO GOULART, UFV.
Format:	Anais e Proceedings de eventos biblioteca
Language:	pt_BR por
Published:	2011-10-27T11:11:11Z
Subjects:	Programação Script, Genoma café, ESTs,
Online Access:	http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/904264
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