Evaluation de l'efficacité des stratégies de vaccination contre l'influenza aviaire dans les réseaux de production de volailles en lien avec les mobilités humaines, matérielles et animales
75% des maladies infectieuses chez l'homme sont des zoonoses, c'est-à-dire d'origine animale. La crise sanitaire actuelle liée à la Covid-19 nous rappelle ce risque élevé d'émergence de maladies zoonotiques ainsi que leur impact parfois majeur. Le contrôle de ces maladies est donc un enjeu crucial pour la sécurité sanitaire des populations humaines et animales dans ce monde globalisé. Les virus influenza ont été à l'origine de quatre pandémies majeures au cours du siècle dernier. A partir de 2003, ces virus ont entrainé un grand nombre d'épizootiques catastrophiques pour les élevages avicoles dans de nombreux pays. Si le rôle des oiseaux sauvages est clairement identifié dans la diffusion mondiale de ces virus influenza, les mobilités humaines, matérielles et animales au sein des réseaux de production avicoles interviennent également dans cette diffusion. La vaccination, couplée à la surveillance des foyers et à la biosécurité des élevages, permet de limiter l'impact et la circulation de la maladie dans un élevage et donc dans un réseau de production avicole. Les stratégies de vaccination à mettre en oeuvre doivent prendre en compte le contexte épidémiologique, la structure du réseau, les différents types de vaccins et les ressources disponibles. L'objectif de ce travail de thèse est de comprendre le rôle des mobilités humaines, matérielles et animales entre les élevages dans le risque de diffusion des virus IA au sein des réseaux de production avicole et de proposer un outil d'aide à la décision pour déterminer et évaluer des stratégies de vaccination basées sur ces risques et capables contrôler la diffusion virale au sein de ces réseaux. Pour ce faire, une revue de la littérature a tout d'abord été réalisée pour identifier les différentes mobilités existantes au sein des réseaux de production avicoles. Cette revue montre que le rôle de ces mobilités est rarement pris en compte sur l'ensemble des réseaux de production. Le développement de l'outil d'évaluation s'est appuyé sur un outil existant, appelé EVACS, composé de cinq modules : analyse de réseau, définition des stratégies de vaccination à tester, simulation du niveau d'immunité, distribution géographique de cette immunité et analyse coût-bénéfice. Au cours de ce travail de thèse, cet outil a été complété par un module d'évaluation des risques informant un module de modélisation épidémiologique de la circulation virale au sein des réseaux de production. L'outil a été testé sur plusieurs filières avicoles françaises afin comparer des stratégies basées sur l'usage de vaccins inactivés appliqués à la ferme et de vaccins recombinants avec une application au couvoir. Nos résultats ont montré qu'en France, les protocoles de vaccination au couvoir basés sur un vaccin recombinant sont les plus efficients pour les filières poulet de chair, poule pondeuse et dinde. Le module d'évaluation des risques a permis de mettre en évidence les élevages qui présentaient le risque de transmission inter-élevages le plus élevé : dans la filière de poulets de chair, les élevages en claustration intégrés au sein de la même organisation de production ont un risque plus élevé de transmission virale entre eux que les autres types d'élevages. Le module de modélisation épidémiologique, qui permet de tester l'impact des stratégies vaccinales sur la diffusion virale, a démontré l'importance de l'immunité maternelle pour limiter efficacement la diffusion virale au sein du réseau de production de poulets de chair français. Nos travaux ont confirmé l'intérêt de l'outil EVACS pour évaluer et définir de manière originale et complète les stratégies de vaccination les plus adaptées selon les ressources disponibles, les besoins des réseaux de production avicole et les contextes épidémiologiques. Cet outil complet constitue un outil d'aide à la décision pertinent pour les gestionnaires de la santé animale dans leurs besoins de choisir des stratégies de vaccination les plus adaptées et les plus efficientes.