Diversité et origine génétique des espèces de la sous famille des Aurantioideae et décryptage des structures interspécifiques des génomes des agrumes modernes
L'étude de l'espaceur intergénique tmL-tmF chez les espèces tunisiennes du genre Citrus montre la présence d'une seule copie du pseudogène tmF chez toutes les variétés analysées. Les valeurs positives et non significatives des tests de neutralité plaident en faveur d'un modèle d'évolution neutre et supportent l'hypothèse d'un scénario démographique stable. Nos résultats montrent clairement la contribution des pools génétiques de C. reticulata et C. maxima dans le développement des espèces secondaires tunisiennes. L'analyse basée sur les séquences nucléotidiques de huit régions génomiques chloroplastiques de 79 variétés de la sous famille des Aurantioideae révèle, via les marqueurs SNPs, une différenciation taxonomique au niveau des tribus, des soustribus, des genres et des espèces. 166 SNPs diagnostiques des 54 clades analysés ont été identifiés suivis d'une sélection de 40 KASPars. L'application de ces marqueurs chez 108 variétés montre un haut taux de transférabilité au sein de la sous famille des Aurantioideae et une cohérence avec les analyses génétiques antérieures du génome chloroplastique 21 clés marqueurs de clade catégoriquement diagnostique de 19 clades ont été identifiées. L'analyse GBS des 55 variétés d'agrumes par séquençage ILLUMINA H1SEQ2000 s'avère efficace dans d'identification des polymorphismes diagnostiques (12564 SNPs/lnDels) de la différenciation C. reticulata/C. maxima couvrant l'ensemble du génome nécessaire au déchiffrage de l'origine phylogénomique tout au long des neuf chromosomes des 55 variétés. L'approche adoptée confirme les analyses récentes basées sur des données de séquence de génome complet pour la clémentine, l'orange douce et amère et la mandarine 'Ponkan'. La technique GBS couplée à la détection des points polymorphes diagnostiques s'avère très efficace dans le décryptage des caryotypes phylogénomiques des variétés qui dérivent d'une mosaïque de deux espèces ancestrales. Le mélange C. reticulata/C. maxima doit être l'élément majeur de la variabilité phénotypique révélée élevée de ces ressources.