Cartographie génétique de gènes candidats pour la qualité du bois chez l'Eucalyptus
Dans le cadre du programme d'amélioration génétique des eucalyptus au Congo, des recherches en biotechnologie ont été engagées pour détecter des locus impliqués dans la variation de caractères quantitatifs (QTL : Quantitative Trait Loci) pour la qualité du bois. Les travaux de génomique fonctionnelle menés par le CIRAD en collaboration avec des organismes publics (CNRS) et privé (RAIZ et ENCE), ont permis de développer une banque d'EST (Expressed sequence tag) surexprimées dans le xylème. Ces EST pourraient constituer de bons candidats pour une sélection assistée par marqueurs de la qualité du bois. Afin d'ajouter un attribut " positionnel " à ces gènes candidats " expressionnels ", les chercheurs du CIRAD souhaitent étudier les colocalisations entre les QTL de qualité du bois et ces gènes sur les cartes génétiques d'eucalyptus. Dans ce contexte, l'objectif de ce stage était de tester différentes méthodes de révélation du polymorphisme nucléotidique afin de pouvoir cartographier ces gènes. Trois méthodes ont donc été utilisées pour la cartographie génétique des EST : la PCR en temps réel, la SSCP sur séquenceur LI-COR et la SSCP sur séquenceur ABI. La mise en évidence du polymorphisme n'a pas été possible par la méthode de PCR en temps réel. A l'inverse, les techniques SSCP sur LI-COR et ABI se sont révélées très efficaces pour le génotypage haut débit. Ainsi, pour les 61 EST d'E. gunnii étudiées, 7 EST polymorphes ont été cartographiées sur les cartes génétiques d'Eucalyptus, grandis et E. urophylla déjà existantes. L'ajout de ces EST a permis d'identifier un cluster de gènes colocalisant avec des QTL de densité du bois sur le groupe de liaison 4 et d'augmenter les zones homologues entre cartes au sein du groupe de liaison 10. L'ajout de marqueurs codominants de type microsatellites sur les cartes d'E. grandis et E. urophylla devrait permettre d'étudier la synthénie et la colinéarité à travers différentes espèces du genre Eucalyptus, ceci étant un prérequis pour la compréhension de l'évolution du génome de l'eucalyptus et pour le transfert d'information génétique d'une espèce à une autre.
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | thesis biblioteca |
| Language: | fre |
| Published: |
Université de Toulouse III
|
| Subjects: | K10 - Production forestière, F30 - Génétique et amélioration des plantes, K50 - Technologie des produits forestiers, |
| Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/577630/ http://agritrop.cirad.fr/577630/1/COSTECALDE_2007_MASTER.pdf |
| Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|