A new international cocoa genetic database

Le CIRAD (Centre de Coopération Internationale en Recherche Agronomique pour le Développement, France), la University of Reading (School of Plants Sciences, R-U) et le USDA (United States Department of Agriculture, USA) ont mis en place un projet commun de développement d'une nouvelle banque de données moléculaires, génomiques et phénotypiques. Cette banque de données combinera des informations génétiques moléculaires enregistrées dans la TropgeneDB (une banque de données moléculaires développée par le CIRAD) et des données phénotypiques incluses dans l'ICGD (Banque internationale de données sur le matériel génétique du cacao développée par l'université de Reading). La TropgeneDB est organisée par type de culture et comporte actuellement trois modules (cacaoyer, canne à sucre et bananier). Les données les plus communes enregistrées dans la TropgeneDB sont: des cartes génétiques et physiques, des marqueurs, QTL (Quantitative Trait Loci), des séquences de données et des données moléculaires sur les ressources génétiques. Actuellement, le module du cacao comporte environ 500 clones avec leurs génotypes et divers marqueurs (RFLP, AFLP, microsatellites, isozymes, etc.), des cartes génétiques et des informations sur les marqueurs. L'ICGD fournit des informations phénotypiques sur le matériel génétique du cacaoyer. Elle héberge une collection d'environ 13800 entrées différentes avec des informations détaillées sur les origines génétiques et géographiques, l'histoire de la constitution de la collection, la morphologie, les ravageurs, les maladies, les réactions aux conditions difficiles, les caractères de qualité et agronomiques ainsi que des données anatomiques. Toutes ces données seront incorporées dans la nouvelle banque de données sur le matériel génétique du cacaoyer. Des informations phénotypiques continueront d'être soumises à l'ICGD par les utilisateurs et des données génétiques moléculaires à la TropgeneDB. Des données nouvelles et actualisées seront régulièrement transférées dans la base de données commune sur le matériel génétique du cacao. La base de données commune fonctionne avec le ACEDB (http://www.acedb.org/), un système qui permet d'enregistrer et de récupérer des informations biologiques complexes. Le ACEDB offre une vue intuitive orientée objet sur les données biologiques ainsi qu'une interface graphique utilisateur dotée de nombreux outils de visualisation des données (visionneuse de cartes génétiques, affichage des séquences etc.). La base commune de données sur le cacaoyer sera accessible par Internet. Une interface conviviale et intuitive permettra de poser des questions complexes combinant des informations génétiques et phénotypiques. Par exemple: "Quels sont les clones résistants à Phytophthora qui ont des allèles spécifiques à plusieurs loci ?" ou "Est-ce que deux clones sont identiques dans l'éventail complet de leur données phénotypiques et génétiques ?" Un code de couleurs permettra de reconnaître clairement la source de l'information: une couleur particulière pour les données de l'ICGD et une autre couleur pour la banque TropgeneDB. Cette nouvelle base de données est conçue spécifiquement pour permettre aux utilisateurs finaux (sélectionneurs ou généticiens moléculaires) d'exploiter au mieux les informations disponibles sur le matériel génétique du cacaoyer.

Bibliographic Details

Main Authors:	Ruiz, Manuel, Rouard, Mathieu, Turnbull, Christ J., Orain, R., Ford, C.S., Raboin, Louis-Marie, Lartaud, Marc, Lanaud, Claire, Clément, Didier, Petithuguenin, Philippe, Wilkinson, M.J., Hadley, P., Brown, Spencer, Rosenquist, Eric, Courtois, Brigitte
Format:	conference_item biblioteca
Language:	eng
Published:	Cocoa Producers' Alliance
Subjects:	F30 - Génétique et amélioration des plantes,
Online Access:	http://agritrop.cirad.fr/533893/ http://agritrop.cirad.fr/533893/1/ID533893.pdf
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