Caracterização do desequilíbrio de ligação em uma população de bovinos da raça Nelore.

Resumo: Tendo em vista a importância da estimação do desequilíbrio de ligação para a seleção genômica, o objetivo deste estudo foi estimar o desequilíbrio de ligação de uma população de bovinos da raça Nelore participantes do programa de melhoramento da ANCP. Foram utilizadas informações de 9.459 animais genotipados com um painel de alta densidade, totalizando 735.044 SNP?s, antes do controle de qualidade. A estimação do desequilíbrio de ligação foi realizada através do programa SNP1101. Os valores de LD observados para os cromossomos autossômicos variaram de 0,18 a 0,25. Para marcadores distanciados até 1 Kb a média de r² foi de 0,53 e para marcadores distanciados entre 90 e 100 Kb 0,14. Para MAF a média variou de 0,23 a 0,25, considerando MAF mínimo de 5%. Os resultados obtidos neste estudo indicam que, a densidade de marcadores utilizados foi capaz de detectar altos níveis de LD. Adicionalmente, conclui-se que marcadores distanciados até 50 Kb ainda detectam consideráveis níveis de LD. Abstract: Considering the importance of estimating linkage disequilibrium for genomic selection, the objective of this study was to estimate the linkage disequilibrium in a population of Nellore cattle participating in the ANCP breeding program. Information from 9,396 genotyped animals with a high density panel, totaling 735,044 SNP's before quality control were used. The estimation of linkage dissequilibrium (LD) was performed using the SNP1101 program. The mean LD values observed for the autosomal chromosomes ranged from 0.18 to 0.25. For markers distanced lower than 1 Kb the r² mean was 0.53, and for markers distanced between 90 and 100 Kb was 0.14. For MAF, the mean ranged from 0.23 to 0.25, a minimum MAF of 0.05 was considered. The results obtained in this study indicated that the density of markers used was able to detect high levels of LD. Additionally, for markers distanced up to 50 Kb, considerable levels of LD was detected.

Bibliographic Details

Main Authors:	KLUSKA, S., TONUSSI, R. L., SILVA, R. M. de O., OLIVERI, B. F., FEITOSA, F. L. B., PERIPOLLI, E., LEMOS, M. V. A., BERTON, M. P., CHIAIA, H. L. J., PEREIRA, A. S. C., LOBO, R. B., BEZERRA, L. A., MAGNABOSCO, C. de U., AGUILAR, I., DI CROCE, F., OSTERSTOCK, J., BALDI REY, F. S.
Other Authors:	SABRINA KLUSKA, FAPESP; RAFAEL LARA TONUSSI, UNESP; RAFAEL MEDEIROS DE OLIVEIRA SILVA, UNIVERSITY OF GEORGIA; BIANCA FERREIRA OLIVIERI, UNESP; FABIELI LOISE BRAGA FEITOSA, UNESP; ELISA PERIPOLLI, UNESP; MARCOS VINICÍUS ANTUNES LEMOS, UNESP; MARIANA PIATTO BERTON, UNESP; HERMENEGILDO LUCAS JUSTINO CHIAIA, UNESP; ANGELICA SIMONE CRAVO PEREIRA, USP; RAYSILDO BARBOSA LÔBO, ANCP; LUIZ ANTÔNIO BEZERRA, USP; CLAUDIO DE ULHOA MAGNABOSCO, CPAC; IGNÁCIO AGUILAR, INIA; FERNANDO DI CROCE, ZOETIS; JASON OSTERSTOCK, ZOETIS; FERNANDO BALDI, UNESP.
Format:	Anais e Proceedings de eventos biblioteca
Language:	pt_BR por
Published:	2017-12-21
Subjects:	Densidade de Marcadores, Marcador Genético, Seleção Genótipa, Cromossoma,
Online Access:	http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1083353
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