Variación en el genoma a nivel poblacional de bursaphelenchus xylophilus y su relación con caracteres ecológicos
Trabajo presentado en el XVII Congreso de la Sociedad Española de Fitopatología, celebrado en Lleida del 7 al 10 de octubre de 2014.
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dig-ias-es-10261-1591432018-08-01T10:05:02Z Variación en el genoma a nivel poblacional de bursaphelenchus xylophilus y su relación con caracteres ecológicos Palomares Rius, Juan E. Tsai, Isheng J. Mitsuteru, A. Castillo, Pablo Takeuchi, Y. Kikuchi, Taisei Japan Society for the Promotion of Science Trabajo presentado en el XVII Congreso de la Sociedad Española de Fitopatología, celebrado en Lleida del 7 al 10 de octubre de 2014. Bursaphelenchus xylophilus es un nematodo fitopatógeno agente de la marchitez del pino. A pesar de los esfuerzos realizados para controlar su expansión con medidas de cuarentena, esta enfermedad se está en dispersando a nuevas áreas forestales . En este estudio se aborda por vez primera la variación del genoma de este nematodo en poblaciones y líneas fijadas (cruzamientos entre hermanos y descendientes de una pareja de ambos sexos) que varían tanto en su capacidad patogénica como en algunas características ecológicas (i . e . reproducción sobre Botrytis cinerea y sobre pino) . Para ello se ha utilizado la secuenciación masiva de sus genomas completos mediante Illumina y mapeando las lecturas al genoma de referencia (Ka4C1) (muy patogénico). Se han identificado alrededor de 3 millones de variantes (SNPs e Indels), siendo la mayoría de ellas homocigóticas (fijadas). Las secuencias no mapeadas se utilizaron para la creación de secuencias “de novo”. La población C14-5 y la línea fijada OKD1-F7, ambas con escasa virulencia son las que presentaron mayores diferencias respecto a la población de referencia . Los tests de enriquecimiento de funciones mediante el cambio de lectura mostraron una posible mayor inactivación de genes en las actividades de endopeptidasas de ácido aspártico y ATPasa transportadoras de péptidos, mientras las actividades alfa-trehalosa y metalopeptidasa fueron enriquecidas con cambios de parada de lectura respecto al genoma de referencia . Las líneas fijadas S10-P3 y S10-P9, con menor y similar capacidad patogénica que su población original (S10), respectivamente, mostraron muy pocas diferencias genéticas entre ambas, siendo la mayoría de los cambios con dos alelos por posición genómica . Algunas de las posiciones homocigóticas pueden estar relacionadas con el reconocimiento del medio y patogenicidad. También se han identificado algunas diferencias entre efectores en las lecturas que no fueron mapeadas al genoma de referencia . No se observaron diferencias genómicas estructurales importantes entre las muestras estudiadas. Investigación y estancia del primer autor financiada por la Japan Society for Promotion of Science dentro del programa de becas posdoctorales para investigadores extranjeros . No 2018-01-17T10:48:50Z 2018-01-17T10:48:50Z 2014-10 comunicación de congreso http://purl.org/coar/resource_type/c_5794 XVII Congreso de la Sociedad Española de Fitopatología (2014) http://hdl.handle.net/10261/159143 http://dx.doi.org/10.13039/501100001691 es Sí none |
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