Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey.
Foi realizada uma varredura por todo o genoma de animais da raça Jersey, nos EUA, utilizando marcadores do tipo SNP, visando identificar QTL associados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas. Os dados usados neste estudo foram provenientes do Animal Improvement Programs Laboratory, USDA/EUA. Amostras de DNA coletadas de 2.380 animais da raça Jersey e as habilidades preditas de transmissão de 2.081 animais, publicadas em fevereiro/2009 (http://greenbook.usjersey.com/), foram utilizadas nas análises. Para a genotipagem dos SNPs foi usado o BovineSNP50 BeadChip da Illumina, com aproximadamente 54.000 SNPs. Todo SNP com call rate (<99%), em desequilíbrio de Hardy-Weinberg (teste exato p<0,01) e com frequência de um dos alelos menor do que 5% foram excluídos das análises finais (30.342 SNP usados). P-values corrigidos pelo teste de Bonferroni iguais a 0,01 foram usados. Para todas as características, SNP significativos foram encontrados em vários cromossomos, especialmente nos BTAs 3, 4, 5, 6, 10, 12, 23 e 25. Os resultados sugerem que as soluções para os efeitos dos marcadores nas avaliações genômicas podem identificar regiões cromossômicas que necessitem ser melhor estudadas.
Main Authors: | , , , , , , |
---|---|
Other Authors: | |
Format: | Artigo em anais e proceedings biblioteca |
Language: | por |
Published: |
2010-04-26
|
Subjects: | Associação por todo genoma, |
Online Access: | http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/711787 |
Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
id |
dig-alice-doc-711787 |
---|---|
record_format |
koha |
spelling |
dig-alice-doc-7117872024-04-24T18:54:34Z Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey. SILVA, M. V. G. B. VANRADEN, P. M. VAN TASSEL, C. P. SOSTENGARD, T. S. MATUKUMALLI, L. K. KIM, E. WIGGANS, G. R. MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; PAUL M. VANRADEN, USDA; CURT P. VAN TASSEL, USDA; TAD S. SOSTENGARD, USDA; LAKSHMI K. MATUKUMALLI, GEORGE MASON UNIVERSITY; EUI-SOO KIM, USDA; GEORGE R. WIGGANS, USDA. Associação por todo genoma Foi realizada uma varredura por todo o genoma de animais da raça Jersey, nos EUA, utilizando marcadores do tipo SNP, visando identificar QTL associados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas. Os dados usados neste estudo foram provenientes do Animal Improvement Programs Laboratory, USDA/EUA. Amostras de DNA coletadas de 2.380 animais da raça Jersey e as habilidades preditas de transmissão de 2.081 animais, publicadas em fevereiro/2009 (http://greenbook.usjersey.com/), foram utilizadas nas análises. Para a genotipagem dos SNPs foi usado o BovineSNP50 BeadChip da Illumina, com aproximadamente 54.000 SNPs. Todo SNP com call rate (<99%), em desequilíbrio de Hardy-Weinberg (teste exato p<0,01) e com frequência de um dos alelos menor do que 5% foram excluídos das análises finais (30.342 SNP usados). P-values corrigidos pelo teste de Bonferroni iguais a 0,01 foram usados. Para todas as características, SNP significativos foram encontrados em vários cromossomos, especialmente nos BTAs 3, 4, 5, 6, 10, 12, 23 e 25. Os resultados sugerem que as soluções para os efeitos dos marcadores nas avaliações genômicas podem identificar regiões cromossômicas que necessitem ser melhor estudadas. 2024-04-24T18:54:34Z 2024-04-24T18:54:34Z 2010-04-26 2009 Artigo em anais e proceedings In: REUNIÃO ANUAL DA SOCIEDADE BRASILEIRA DE ZOOTECNIA, 46., 2009, Maringá. Anais... Maringá: SBZ, 2009. http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/711787 por openAccess |
institution |
EMBRAPA |
collection |
DSpace |
country |
Brasil |
countrycode |
BR |
component |
Bibliográfico |
access |
En linea |
databasecode |
dig-alice |
tag |
biblioteca |
region |
America del Sur |
libraryname |
Sistema de bibliotecas de EMBRAPA |
language |
por |
topic |
Associação por todo genoma Associação por todo genoma |
spellingShingle |
Associação por todo genoma Associação por todo genoma SILVA, M. V. G. B. VANRADEN, P. M. VAN TASSEL, C. P. SOSTENGARD, T. S. MATUKUMALLI, L. K. KIM, E. WIGGANS, G. R. Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey. |
description |
Foi realizada uma varredura por todo o genoma de animais da raça Jersey, nos EUA, utilizando marcadores do tipo SNP, visando identificar QTL associados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas. Os dados usados neste estudo foram provenientes do Animal Improvement Programs Laboratory, USDA/EUA. Amostras de DNA coletadas de 2.380 animais da raça Jersey e as habilidades preditas de transmissão de 2.081 animais, publicadas em fevereiro/2009 (http://greenbook.usjersey.com/), foram utilizadas nas análises. Para a genotipagem dos SNPs foi usado o BovineSNP50 BeadChip da Illumina, com aproximadamente 54.000 SNPs. Todo SNP com call rate (<99%), em desequilíbrio de Hardy-Weinberg (teste exato p<0,01) e com frequência de um dos alelos menor do que 5% foram excluídos das análises finais (30.342 SNP usados). P-values corrigidos pelo teste de Bonferroni iguais a 0,01 foram usados. Para todas as características, SNP significativos foram encontrados em vários cromossomos, especialmente nos BTAs 3, 4, 5, 6, 10, 12, 23 e 25. Os resultados sugerem que as soluções para os efeitos dos marcadores nas avaliações genômicas podem identificar regiões cromossômicas que necessitem ser melhor estudadas. |
author2 |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; PAUL M. VANRADEN, USDA; CURT P. VAN TASSEL, USDA; TAD S. SOSTENGARD, USDA; LAKSHMI K. MATUKUMALLI, GEORGE MASON UNIVERSITY; EUI-SOO KIM, USDA; GEORGE R. WIGGANS, USDA. |
author_facet |
MARCOS VINICIUS GUALBERTO B SILVA, CNPGL; PAUL M. VANRADEN, USDA; CURT P. VAN TASSEL, USDA; TAD S. SOSTENGARD, USDA; LAKSHMI K. MATUKUMALLI, GEORGE MASON UNIVERSITY; EUI-SOO KIM, USDA; GEORGE R. WIGGANS, USDA. SILVA, M. V. G. B. VANRADEN, P. M. VAN TASSEL, C. P. SOSTENGARD, T. S. MATUKUMALLI, L. K. KIM, E. WIGGANS, G. R. |
format |
Artigo em anais e proceedings |
topic_facet |
Associação por todo genoma |
author |
SILVA, M. V. G. B. VANRADEN, P. M. VAN TASSEL, C. P. SOSTENGARD, T. S. MATUKUMALLI, L. K. KIM, E. WIGGANS, G. R. |
author_sort |
SILVA, M. V. G. B. |
title |
Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey. |
title_short |
Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey. |
title_full |
Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey. |
title_fullStr |
Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey. |
title_full_unstemmed |
Análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça Jersey. |
title_sort |
análise de associação por todo o genoma para identificar locos relacionados ao lucro líquido, à vida produtiva e ao escore de células somáticas na raça jersey. |
publishDate |
2010-04-26 |
url |
http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/711787 |
work_keys_str_mv |
AT silvamvgb analisedeassociacaoportodoogenomaparaidentificarlocosrelacionadosaolucroliquidoavidaprodutivaeaoescoredecelulassomaticasnaracajersey AT vanradenpm analisedeassociacaoportodoogenomaparaidentificarlocosrelacionadosaolucroliquidoavidaprodutivaeaoescoredecelulassomaticasnaracajersey AT vantasselcp analisedeassociacaoportodoogenomaparaidentificarlocosrelacionadosaolucroliquidoavidaprodutivaeaoescoredecelulassomaticasnaracajersey AT sostengardts analisedeassociacaoportodoogenomaparaidentificarlocosrelacionadosaolucroliquidoavidaprodutivaeaoescoredecelulassomaticasnaracajersey AT matukumallilk analisedeassociacaoportodoogenomaparaidentificarlocosrelacionadosaolucroliquidoavidaprodutivaeaoescoredecelulassomaticasnaracajersey AT kime analisedeassociacaoportodoogenomaparaidentificarlocosrelacionadosaolucroliquidoavidaprodutivaeaoescoredecelulassomaticasnaracajersey AT wiggansgr analisedeassociacaoportodoogenomaparaidentificarlocosrelacionadosaolucroliquidoavidaprodutivaeaoescoredecelulassomaticasnaracajersey |
_version_ |
1798159862745530368 |