Identificación de genes candidatos y SNP relacionados con el temperamento del ganado utilizando un análisis GWAS junto con un análisis de redes interactuantes
El objetivo de este estudio fue identificar en animales de raza Angus y Brangus con temperamento extremo, medido como velocidad de salida, regiones genómicas y genes candidatos asociados con el temperamento bovino. La población fue genotipada con el chip Genomic Profiler HD 150K y después del análisis de asociación del genoma completo, los SNP rs133956611 (P= 2.65 E-06) y rs81144933 (P= 9.58 E-06) se asociaron con el temperamento. El análisis de mapeo de las regiones cercanas al SNP rs81144933 identificó los genes SNCA (alfa-sinucleína) y MMRN1 (multimerin-1) a 222.8 y 435.9 Kb corriente abajo, respectivamente, mientras que para los loci rs133956611 se identificó el gen GPRIN3 (familia GPRIN- miembro 3) a 245.7 Kb corriente arriba, los tres genes se encuentran en el cromosoma BTA6. El análisis de las interacciones proteína-proteína de SNCA permitió la identificación de los genes APP (proteína precursora de β-amiloide), PARK7 (deglicasa asociada al parkinsonismo), UCHL1 (ubiquitina C-terminal hidrolasa L1), PARK2 (parkina-RBR-E3-ubiquitina-proteína-ligasa), y genes de la familia SLC como candidatos a estar asociados con el temperamento bovino. Todos estos genes candidatos y su interacción fueron resecuenciados, lo que permitió el descubrimiento de nuevos SNP en los genes SNCA y APP. De estos, los SNP localizados en los intrones 5, 8 y 11 del gen APP afectan a los motivos del sitio de empalme. Estos resultados indican que el SNCA y sus genes interactuantes son candidatos para estar relacionados con el temperamento bovino.
| Main Authors: | , , , , , , |
|---|---|
| Format: | Digital revista |
| Language: | eng spa |
| Published: |
Instituto Nacional de Investigaciones Forestales, Agrícolas y Pecuarias
2022
|
| Online Access: | https://cienciaspecuarias.inifap.gob.mx/index.php/Pecuarias/article/view/6077 |
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| Summary: | El objetivo de este estudio fue identificar en animales de raza Angus y Brangus con temperamento extremo, medido como velocidad de salida, regiones genómicas y genes candidatos asociados con el temperamento bovino. La población fue genotipada con el chip Genomic Profiler HD 150K y después del análisis de asociación del genoma completo, los SNP rs133956611 (P= 2.65 E-06) y rs81144933 (P= 9.58 E-06) se asociaron con el temperamento. El análisis de mapeo de las regiones cercanas al SNP rs81144933 identificó los genes SNCA (alfa-sinucleína) y MMRN1 (multimerin-1) a 222.8 y 435.9 Kb corriente abajo, respectivamente, mientras que para los loci rs133956611 se identificó el gen GPRIN3 (familia GPRIN- miembro 3) a 245.7 Kb corriente arriba, los tres genes se encuentran en el cromosoma BTA6. El análisis de las interacciones proteína-proteína de SNCA permitió la identificación de los genes APP (proteína precursora de β-amiloide), PARK7 (deglicasa asociada al parkinsonismo), UCHL1 (ubiquitina C-terminal hidrolasa L1), PARK2 (parkina-RBR-E3-ubiquitina-proteína-ligasa), y genes de la familia SLC como candidatos a estar asociados con el temperamento bovino. Todos estos genes candidatos y su interacción fueron resecuenciados, lo que permitió el descubrimiento de nuevos SNP en los genes SNCA y APP. De estos, los SNP localizados en los intrones 5, 8 y 11 del gen APP afectan a los motivos del sitio de empalme. Estos resultados indican que el SNCA y sus genes interactuantes son candidatos para estar relacionados con el temperamento bovino. |
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