Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5
The COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering.
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MDPI
2023-01-22
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Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants Evolution South America Dynamics Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2 Variantes Evolución América del Sur Dinámica Argentina SARS-CoV-2 Omicron BA.1 BA.2 BA.4 BA.5 Severe Acute Respiratory Syndrome Coronavirus 2 Variants Evolution South America Dynamics Coronavirus del Síndrome Respiratorio Agudo Grave 2 Variantes Evolución América del Sur Dinámica Argentina SARS-CoV-2 Omicron BA.1 BA.2 BA.4 BA.5 Torres, Carolina Nabaes Jodar, Mercedes Acuña, Dolores Zambrana Montaño, Romina Micaela Culasso, Andrés Carlos Alberto Amadio, Ariel Aulicino, Paula Ceballos, Santiago Cacciabue, Marco Polo Domingo Debat, Humberto Julio Dus Santos, Maria Jose Eberhardt, María Florencia Espul, Carlos Fay, Fabián Fernández, María Ailén Fernandez, Franco Daniel Fernandez Muñoz, Juan Manuel Ferrini, Florencia Gallego, Fernando Giri, Adriana Angélica Cerri, Agustina Bolatti, Elisa Gismondi, Maria Ines Goya, Stephanie Gramundi, Iván Irazoqui, Jose Matias Konig, Guido Alberto Leiva, Viviana Lucero, Horacio Marquez, Nathalie Nardi, Cristina Ortiz, Belén Pianciola, Luis Pintos, Carolina Beatriz Puebla, Andrea Fabiana Rastellini, Carolina Victoria Rojas, Alejandro Ezequiel Sfalcin, Javier Suárez, Ariel Tittarelli, Estefanía Toro, Rosana Villanova, Gabriela Vanina Ziehm, María Cecilia Zimmermann, María Carla Zunino, Sebastián Proyecto PAIS Working Group Valinotto, Laura Viegas, Mariana Omicron Waves in Argentina: Dynamics of SARS-CoV-2 Lineages BA.1, BA.2 and the Emerging BA.2.12.1 and BA.4/BA.5 |
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The COVID-19 pandemic has lately been driven by Omicron. This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering. |
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Torres, Carolina Nabaes Jodar, Mercedes Acuña, Dolores Zambrana Montaño, Romina Micaela Culasso, Andrés Carlos Alberto Amadio, Ariel Aulicino, Paula Ceballos, Santiago Cacciabue, Marco Polo Domingo Debat, Humberto Julio Dus Santos, Maria Jose Eberhardt, María Florencia Espul, Carlos Fay, Fabián Fernández, María Ailén Fernandez, Franco Daniel Fernandez Muñoz, Juan Manuel Ferrini, Florencia Gallego, Fernando Giri, Adriana Angélica Cerri, Agustina Bolatti, Elisa Gismondi, Maria Ines Goya, Stephanie Gramundi, Iván Irazoqui, Jose Matias Konig, Guido Alberto Leiva, Viviana Lucero, Horacio Marquez, Nathalie Nardi, Cristina Ortiz, Belén Pianciola, Luis Pintos, Carolina Beatriz Puebla, Andrea Fabiana Rastellini, Carolina Victoria Rojas, Alejandro Ezequiel Sfalcin, Javier Suárez, Ariel Tittarelli, Estefanía Toro, Rosana Villanova, Gabriela Vanina Ziehm, María Cecilia Zimmermann, María Carla Zunino, Sebastián Proyecto PAIS Working Group Valinotto, Laura Viegas, Mariana |
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This work aimed to study the dynamics of SARS-CoV-2 Omicron lineages during the third and fourth waves of COVID-19 in Argentina. Molecular surveillance was performed on 3431 samples from Argentina, between EW44/2021 and EW31/2022. Sequencing, phylogenetic and phylodynamic analyses were performed. A differential dynamic between the Omicron waves was found. The third wave was associated with lineage BA.1, characterized by a high number of cases, very fast displacement of Delta, doubling times of 3.3 days and a low level of lineage diversity and clustering. Instituto de Patología Vegetal Fil: Torres, Carolina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Torres, Carolina. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Nabaes Jodar, Mercedes. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Acuña, Dolores. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Acuña, Dolores. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina Fil: Zambrana Montaño, Romina Micaela. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Culasso, Andrés Carlos Alberto. Universidad de Buenos Aires. Facultad de Farmacia y Bioquímica. Instituto de Investigaciones en Bacteriología y Virología Molecular (IBaViM); Argentina Fil: Amadio, Ariel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Amadio, Ariel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Aulicino, Paula. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Aulicino, Paula.Hospital de Pediatría “Prof. Juan P. Garrahan”. Laboratorio de Biología Celular y Retrovirus; Argentina Fil: Ceballos, Santiago. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Fil: Cacciabue, Marco Polo Domingo. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Debat, Humberto Julio. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Debat, Humberto Julio. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina Fil: Dus Santos, Maria Jose. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Virología e Innovaciones Tecnológicas; Argentina Fil: Dus Santos, Maria Jose. Universidad Nacional de Hurlingham. Laboratorio de Diagnóstico-UNIDAD COVID; Argentina Fil: Eberhardt, María Florencia. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Eberhardt, María Florencia. nstituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Espul, Carlos. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Fay, Fabián. CIBIC Laboratorio; Argentina Fil: Fernández, María Ailén. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Fernandez, Franco Daniel. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Fernandez, Franco Daniel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina Fil: Fernandez Muñoz, Juan Manuel. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Instituto de Medicina y Biología Experimental de Cuyo (IMBECU); Argentina Fil: Ferrini, Florencia. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina Fil: Gallego, Fernando. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Giri, Adriana Angélica. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina Fil: Cerri, Agustina. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina Fil: Bolatti, Elisa. Universidad Nacional de Rosario. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas ( IBR-CONICET); Argentina Fil: Gismondi, Maria Ines. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Gismondi, Maria Ines. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina Fil: Goya, Stephanie. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Gramundi, Iván. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Irazoqui, Jose Matias. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Irazoqui, Jose Matias. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Estación Experimental Agropecuaria Rafaela. Instituto de Investigación de la Cadena Láctea; Argentina Fil: Konig, Guido Alberto. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Leiva, Viviana. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Lucero, Horacio. Instituto de Medicina Regional; Argentina Fil: Marquez, Nathalie. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Patología Vegetal; Argentina Fil: Marquez, Nathalie. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas. Unidad de Fitopatología y Modelización Agrícola (UFyMA); Argentina Fil: Nardi, Cristina. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Ortiz, Belén. Laboratorio de Salud Pública; Argentina Fil: Pianciola, Luis. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Pintos, Carolina Beatriz. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Puebla, Andrea Fabiana. Instituto Nacional de Tecnología Agropecuaria (INTA). Instituto de Agrobiotecnología y Biología Molecular; Argentina Fil: Rastellini, Carolina Victoria. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Rojas, Alejandro Ezequiel. Universidad Nacional de Tierra del Fuego, Antártida e Islas del Atlántico Sur; Argentina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina. Hospital Regional Ushuaia; Argentina Fil: Sfalcin, Javier. CIBIC Laboratorio; Argentina Fil: Suárez, Ariel. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina Fil: Tittarelli, Estefanía. IACA Laboratorios. Departamento de Biología y Genética Molecular; Argentina Fil: Toro, Rosana. Universidad Nacional de La Plata (UNLP). Facultad de Ciencias Exactas. Laboratorio de salud pública; Argentina Fil: Villanova, Gabriela Vanina. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas (CONICET); Argentina Fil: Villanova, Gabriela Vanina Universidad Nacional de Rosario. Centro Científico Tecnológico y Educativo Acuario del río Paraná. Facultad de Ciencias Bioquímicas y Farmacéuticas. Laboratorio de Biotecnología Acuática; Argentina Fil: Ziehm, María Cecilia. Ministerio de Salud de la Provincia del Neuquén. Laboratorio Central Neuquén; Argentina Fil: Zimmermann, María Carla. Universidad Nacional del Nordeste. Facultad de Medicina. Laboratorio de Medicina Genómica; Argentina Fil: Zunino, Sebastián. Universidad Nacional de Luján. Departamento de Ciencias Básicas; Argentina Fil: Zunino, Sebastián. Hospital Blas L. Dubarry. Laboratorio de Virología Molecular; Argentina Fil:Proyecto PAIS Working Group. Ministerio de Ciencia Tecnología e Innovación. PAIS Working Group; Argentina Fil: Valinotto, Laura. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Valinotto, Laura. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina Fil: Viegas, Mariana. Consejo Nacional de Investigaciones Científicas y Técnicas; Argentina Fil: Viegas, Mariana. Hospital de Niños Dr. Ricardo Gutiérrez. Laboratorio de Virología; Argentina 2023-09-15T11:26:23Z 2023-09-15T11:26:23Z 2023-01-22 info:ar-repo/semantics/artículo info:eu-repo/semantics/article info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://hdl.handle.net/20.500.12123/15224 https://www.mdpi.com/1999-4915/15/2/312 1999-4915 (online) https://doi.org/10.3390/v15020312 eng info:eu-repo/semantics/openAccess http://creativecommons.org/licenses/by-nc-sa/4.0/ Creative Commons Attribution-NonCommercial-ShareAlike 4.0 International (CC BY-NC-SA 4.0) application/pdf MDPI Viruses 15 (2) : 312 (2023) |