Metabarcoding by capture using a single COI probe (MCSP) to identify and quantify fish species in ichthyoplankton swarms

Metabarcoding by capture using a single COI probe (MCSP) to identify and quantify fish species in ichthyoplankton swarms

La capacidad de determinar la composición y las frecuencias relativas de las especies de peces en los grandes bancos de ictioplancton podría tener aplicaciones ecológicas sumamente importantes, pero esta tarea se ve actualmente obstaculizada por limitaciones metodológicas. Propusimos un nuevo método para las especies amazónicas basado en la captura de hibridación del ADN del gen COI de una especie distante (Danio rerio), ausente de nuestra zona de estudio (la cuenca del Amazonas). La secuencia CIO de esta especie es aproximadamente equidistante de todas las CIO de las especies amazónicas disponibles. Utilizando esta secuencia como sonda, facilitamos con éxito la identificación simultánea de las larvas de peces pertenecientes al orden Siluriformes y a los Characiformes representados en nuestras muestras de ictioplancton. Las frecuencias relativas de las especies, estimadas por el número de lecturas, mostraron correlaciones casi perfectas con las frecuencias reales estimadas por un enfoque de Sanger, lo que permitió el desarrollo de un enfoque cuantitativo. También propusimos una mejora adicional a un protocolo anterior, que permite reducir el esfuerzo de secuenciación en 40 veces. Esta nueva metodología de metabarcodificación por captura mediante una sonda única (MCSP) podría tener importantes repercusiones en la ecología, la ordenación de la pesca y la conservación de los puntos críticos de la biodiversidad piscícola en todo el mundo. Nuestro enfoque podría extenderse fácilmente a otros taxones de plantas y animales.

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Main Authors: Mariac, Cédric, Vigouroux, Yves, Duponchelle, Fabrice, García Dávila, Carmen, Núñez, Jesús, Desmarais, Eric, Renno, Jean-François
Format: info:eu-repo/semantics/article biblioteca
Language:en_US
Published: Plos 2018-09
Subjects:Base de datos de recursos genéticos, ADN, Secuencia de ADN, Hibridación de ADN, Genética, Taxonomía, Larvas de peces, Código genético, Peces de agua dulce, Amazonía,
Online Access:https://hdl.handle.net/20.500.12921/475
https://doi.org/10.1371/journal.pone.0202976
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spelling dig-iiap-pe-20.500.12921-4752022-12-30T00:11:05Z Metabarcoding by capture using a single COI probe (MCSP) to identify and quantify fish species in ichthyoplankton swarms Mariac, Cédric Vigouroux, Yves Duponchelle, Fabrice García Dávila, Carmen Núñez, Jesús Desmarais, Eric Renno, Jean-François Base de datos de recursos genéticos ADN Secuencia de ADN Hibridación de ADN Genética Taxonomía Larvas de peces Código genético Peces de agua dulce Amazonía La capacidad de determinar la composición y las frecuencias relativas de las especies de peces en los grandes bancos de ictioplancton podría tener aplicaciones ecológicas sumamente importantes, pero esta tarea se ve actualmente obstaculizada por limitaciones metodológicas. Propusimos un nuevo método para las especies amazónicas basado en la captura de hibridación del ADN del gen COI de una especie distante (Danio rerio), ausente de nuestra zona de estudio (la cuenca del Amazonas). La secuencia CIO de esta especie es aproximadamente equidistante de todas las CIO de las especies amazónicas disponibles. Utilizando esta secuencia como sonda, facilitamos con éxito la identificación simultánea de las larvas de peces pertenecientes al orden Siluriformes y a los Characiformes representados en nuestras muestras de ictioplancton. Las frecuencias relativas de las especies, estimadas por el número de lecturas, mostraron correlaciones casi perfectas con las frecuencias reales estimadas por un enfoque de Sanger, lo que permitió el desarrollo de un enfoque cuantitativo. También propusimos una mejora adicional a un protocolo anterior, que permite reducir el esfuerzo de secuenciación en 40 veces. Esta nueva metodología de metabarcodificación por captura mediante una sonda única (MCSP) podría tener importantes repercusiones en la ecología, la ordenación de la pesca y la conservación de los puntos críticos de la biodiversidad piscícola en todo el mundo. Nuestro enfoque podría extenderse fácilmente a otros taxones de plantas y animales. Revisión por pares. 2020-03-12T20:25:31Z 2020-03-12T20:25:31Z 2018-09 info:eu-repo/semantics/article Mariac, C.; Vigouroux, Y.; Duponchelle, F.; García-Dávila, C.; Nuñez, J.; Desmarais, E.; Renno, J.F., 2018. Metabarcoding by capture using a single COI probe (MCSP) to identify and quantify fish species in ichthyoplankton swarms. PLoS One, 13(9), p.e0202976. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0202976 1932-6203 https://hdl.handle.net/20.500.12921/475 Plos One https://doi.org/10.1371/journal.pone.0202976 en_US info:eu-repo/semantics/article https://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0202976 info:eu-repo/semantics/openAccess http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/2.5/pe/ Licencia application/pdf application/pdf Plos Instituto de Investigaciones de la Amazonía Peruana Repositorio Institucional - IIAP
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