Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies

Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies

Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut.-- Fecha de defensa: 02-03-2021.

Saved in:
Bibliographic Details
Main Author: Batlle-Masó, Laura
Other Authors: Casals, Ferran
Format: tesis doctoral biblioteca
Published: Universitat Pompeu Fabra 2021-03-02
Subjects:Seqüenciació, Immunodeficiències, Malaltíes autoinflamatòries, Síndrome hemafagocític, Next-generation sequencing, Inmunodeficiency, Autoinflammatory diseases, Hemophagocytic lymphohistiocytosis,
Online Access:http://hdl.handle.net/10261/253285
Tags: Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
id dig-ibe-es-10261-253285
record_format koha
spelling dig-ibe-es-10261-2532852021-10-29T07:21:53Z Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies Batlle-Masó, Laura Casals, Ferran Marqués-Bonet, Tomàs Seqüenciació Immunodeficiències Malaltíes autoinflamatòries Síndrome hemafagocític Next-generation sequencing Inmunodeficiency Autoinflammatory diseases Hemophagocytic lymphohistiocytosis Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut.-- Fecha de defensa: 02-03-2021. [EN] The human genome has been screened for variants causing disease ever since sequencing technologies appeared. Human diseases are diverse, and so are their causes. Therefore, finding the genetic cause underlying diseases in inherited disorders is not a straightforward task. The main goal of this thesis is to explore the different genetic mechanisms causing immune disorders, namely autoinflammatory disease and hemophagocytic lymphohistiocytosis. For that, we combined the use of next-generation sequencing technologies and bioinformatic analysis, the results of which were evaluated in clinical discussions. We found different causal genetic mechanisms in immunodeficient patients. We described monogenic alterations and somatic variants, as well as digenic combinations of genetic variants. We also explored the possibility of variant accumulation in known functional pathways. Finally, taking advantage of the data generated, we also evaluated the use of targeted sequencing and exome sequencing in clinical practice and discussed its suitability. Overall, our results highlight that genetic analysis is a valuable diagnostic tool in patients with immune disorders. This is especially relevant in previously undiagnosed cases in which reaching a molecular diagnosis have direct clinical implications. [CA] Des de l’aparició de les eines de seqüenciació genòmica, el genoma humà s’ha explorat per a trobar variants causants de malaltia. Les malalties són diverses, i conseqüentment, també ho són les seves causes, això fa que no sempre sigui fàcil trobar l’origen genètic d’una patologia. L’objectiu principal d’aquest estudi és explorar els diferents mecanismes genètics que causen patologies del sistema immunitari, concretament en les malalties autoinflamatòries i el síndrome hemofagocític. Per a fer-ho, hem utilitzat les noves tècniques de seqüenciació genòmica, seguides d’anàlisis bioinformàtiques i discussions clíniques. Hem trobat diferents mecanismes genètics implicats en les patologies del sistema immunitari, entre els quals destaquem alteracions monogèniques, somàtiques i digèniques. També hem explorat la possibilitat de que la malaltia estigui causada per una acumulació de variants patològiques en vies funcionals. Aprofitant les dades generades, hem avaluat l’ús de panells de gens en la practica clínica. En resum, els nostres resultats remarquen la importància de l’anàlisi genètica com a eina diagnòstica en pacients amb immunodeficiències. Especialment en casos sense diagnòstic previ on l’ús de la genòmica té implicacions directes en la pràctica clínica. 2021-10-29T07:20:05Z 2021-10-29T07:20:05Z 2021-03-02 2021-10-29T07:20:06Z tesis doctoral http://purl.org/coar/resource_type/c_db06 http://hdl.handle.net/10261/253285 http://hdl.handle.net/10803/671030 Sí none Universitat Pompeu Fabra CSIC-UPF - Instituto de Biología Evolutiva (IBE)
institution IBE ES
collection DSpace
country España
countrycode ES
component Bibliográfico
access En linea
databasecode dig-ibe-es
tag biblioteca
region Europa del Sur
libraryname Biblioteca del IBE España
topic Seqüenciació
Immunodeficiències
Malaltíes autoinflamatòries
Síndrome hemafagocític
Next-generation sequencing
Inmunodeficiency
Autoinflammatory diseases
Hemophagocytic lymphohistiocytosis
Seqüenciació
Immunodeficiències
Malaltíes autoinflamatòries
Síndrome hemafagocític
Next-generation sequencing
Inmunodeficiency
Autoinflammatory diseases
Hemophagocytic lymphohistiocytosis
spellingShingle Seqüenciació
Immunodeficiències
Malaltíes autoinflamatòries
Síndrome hemafagocític
Next-generation sequencing
Inmunodeficiency
Autoinflammatory diseases
Hemophagocytic lymphohistiocytosis
Seqüenciació
Immunodeficiències
Malaltíes autoinflamatòries
Síndrome hemafagocític
Next-generation sequencing
Inmunodeficiency
Autoinflammatory diseases
Hemophagocytic lymphohistiocytosis
Batlle-Masó, Laura
Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies
description Universitat Pompeu Fabra. Departament de Ciències Experimentals i de la Salut.-- Fecha de defensa: 02-03-2021.
author2 Casals, Ferran
author_facet Casals, Ferran
Batlle-Masó, Laura
format tesis doctoral
topic_facet Seqüenciació
Immunodeficiències
Malaltíes autoinflamatòries
Síndrome hemafagocític
Next-generation sequencing
Inmunodeficiency
Autoinflammatory diseases
Hemophagocytic lymphohistiocytosis
author Batlle-Masó, Laura
author_sort Batlle-Masó, Laura
title Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies
title_short Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies
title_full Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies
title_fullStr Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies
title_full_unstemmed Genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies
title_sort genomics of immune disease: exploring the genetic mechanisms underlying primary immunodeficiencies
publisher Universitat Pompeu Fabra
publishDate 2021-03-02
url http://hdl.handle.net/10261/253285
work_keys_str_mv AT batllemasolaura genomicsofimmunediseaseexploringthegeneticmechanismsunderlyingprimaryimmunodeficiencies
_version_ 1777668805425627136

Similar Items