Cartographie de gènes candidats pour la qualité du bois chez l'eucalyptus
Dans le cadre de l'amélioration génétique des eucalyptus au Congo, le C1RAD Forêt a engagé des recherches visant à utiliser des marqueurs moléculaires en sélection. Des travaux de cartographie et de détection de QTL (Quantitative trait loci) pour la qualité du bois ont été entrepris sur un croisement interspécifique E. urophylla x E. grandis constitué par une famille de plein frères de 201 individus. Des cartes génétiques ont été construites à partir de marqueurs dominants (RAPD) et de marqueurs codominants (SSR et gènes candidats) pour ce croisement. Récemment, un projet mené en collaboration avec le CNRS de Toulouse et des laboratoires privés espagnol (ENCE) et portugais (RAIZ) a permis la création d'une banque d'EST d'E. gunnii basée sur leur expression différentielle entre deux tissus (xylème contre feuille) et dans différentes conditions de xylème en différentiation. L'objectif de cette collaboration est de localiser ces EST sur différentes cartes génétiques et de les colocaliser avec des QTL de qualité du bois. Après l'optimisation des conditions d'amplification, le polymorphisme d'un jeu de 33 nouvelles EST et deux gènes candidats a été révélé sur la descendance au moyen de plusieurs techniques : SSCP, CAPS et le séquençage de produits PCR. Au total, 19 séquences polymorphes ont été cartographiées grâce à la SSCP, une EST a révélé du polymorphisme en CAPS et 5 autres présentent des SNP sur leur séquence. Ce travail a permis de positionner sur les cartes génétiques d'E. grandis et d'E. urophylla de nouveaux marqueurs codominants dans l'objectif de déterminer des gènes candidats colocalisant avec des QTL et d'aborder les aspects de synténie au sein du genre Eucalyptus.
| Main Author: | |
|---|---|
| Format: | thesis biblioteca |
| Language: | fre |
| Published: |
Université de Toulouse III
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| Subjects: | F30 - Génétique et amélioration des plantes, K10 - Production forestière, F50 - Anatomie et morphologie des plantes, K50 - Technologie des produits forestiers, |
| Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/577633/ http://agritrop.cirad.fr/577633/1/DEWEER_2004_DESS.pdf |
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| Summary: | Dans le cadre de l'amélioration génétique des eucalyptus au Congo, le C1RAD Forêt a engagé des recherches visant à utiliser des marqueurs moléculaires en sélection. Des travaux de cartographie et de détection de QTL (Quantitative trait loci) pour la qualité du bois ont été entrepris sur un croisement interspécifique E. urophylla x E. grandis constitué par une famille de plein frères de 201 individus. Des cartes génétiques ont été construites à partir de marqueurs dominants (RAPD) et de marqueurs codominants (SSR et gènes candidats) pour ce croisement. Récemment, un projet mené en collaboration avec le CNRS de Toulouse et des laboratoires privés espagnol (ENCE) et portugais (RAIZ) a permis la création d'une banque d'EST d'E. gunnii basée sur leur expression différentielle entre deux tissus (xylème contre feuille) et dans différentes conditions de xylème en différentiation. L'objectif de cette collaboration est de localiser ces EST sur différentes cartes génétiques et de les colocaliser avec des QTL de qualité du bois. Après l'optimisation des conditions d'amplification, le polymorphisme d'un jeu de 33 nouvelles EST et deux gènes candidats a été révélé sur la descendance au moyen de plusieurs techniques : SSCP, CAPS et le séquençage de produits PCR. Au total, 19 séquences polymorphes ont été cartographiées grâce à la SSCP, une EST a révélé du polymorphisme en CAPS et 5 autres présentent des SNP sur leur séquence. Ce travail a permis de positionner sur les cartes génétiques d'E. grandis et d'E. urophylla de nouveaux marqueurs codominants dans l'objectif de déterminer des gènes candidats colocalisant avec des QTL et d'aborder les aspects de synténie au sein du genre Eucalyptus. |
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