Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus)
Les cultivars modernes de canne à sucre ont un génome particulièrement complexe, polyploïde et aneuploïde. Ils dérivent de croisements impliquant un nombre réduit de clones ancestraux (Saccharum officinarum et S. spontaneum), ayant pour conséquence un déséquilibre de liaison (DL) appréciable chez ces cultivars. Ce travail vise à confirmer la faisabilité d'études d'associations exploitant le DL, afin d'identifier des allèles impliqués dans le déterminisme de la résistance à deux maladies : la feuille jaune (ac. Sugarcane Yellow Leaf Virus), et l'échaudure des feuilles (ac. X. albilineans). Deux populations de près de 200 cultivars ont été phénotypées pour la résistance à la feuille jaune, l'une à la Réunion et l'autre en Guadeloupe. Cette dernière a également été phénotypée pour la résistance à l'échaudure des feuilles. Les analyses d'associations ont été réalisées avec près de 4000 marqueurs (AFLP et DArT), avec différents modèles prenant en compte la structure de la population et les apparentements entre individus. Les marqueurs les plus robustes ont été sélectionnés à un risque d'erreur calculé sur l'ensemble du génome. Une étude de diversité a été réalisée sur un panel de clones ancestraux pour déterminer l'origine spécifique des marqueurs. Ces analyses ont permis d'identifier 23 marqueurs associés à la résistance à l'échaudure des feuilles, et 30 marqueurs associés à la résistance à la feuille jaune, présentant des R2 individuels de 2,2 à 4%. Des sous-ensembles de 6 à 10 marqueurs expliquent 36 à 51% de la variation phénotypique. La majorité des sources de résistance et de sensibilité est issue de l'espèce sauvage S. spontaneum.
id |
dig-cirad-fr-567627 |
---|---|
record_format |
koha |
spelling |
dig-cirad-fr-5676272024-01-28T21:11:24Z http://agritrop.cirad.fr/567627/ http://agritrop.cirad.fr/567627/ Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus). Rocher Solen. 2011. Montpellier : UM2, 120 p. Thèse de doctorat : Systèmes intégrés en biologie, agronomie, géosciences, hydrosciences, environnement (SIBAGHE). Biochimie et biologie moléculaire : Université Montpellier 2 Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus) Rocher, Solen fre 2011 UM2 F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Saccharum officinarum Xanthomonas albilineans virus des végétaux résistance génétique résistance aux maladies marqueur génétique génétique des populations polyploïdie génome phénotype variation génétique relation hôte pathogène clone variété maladie systémique http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6727 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_27422 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5985 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_35130 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2328 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24030 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34326 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6094 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3224 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5776 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_15975 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34017 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1678 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_8157 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7580 La Réunion Guadeloupe France http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6543 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3406 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3081 Les cultivars modernes de canne à sucre ont un génome particulièrement complexe, polyploïde et aneuploïde. Ils dérivent de croisements impliquant un nombre réduit de clones ancestraux (Saccharum officinarum et S. spontaneum), ayant pour conséquence un déséquilibre de liaison (DL) appréciable chez ces cultivars. Ce travail vise à confirmer la faisabilité d'études d'associations exploitant le DL, afin d'identifier des allèles impliqués dans le déterminisme de la résistance à deux maladies : la feuille jaune (ac. Sugarcane Yellow Leaf Virus), et l'échaudure des feuilles (ac. X. albilineans). Deux populations de près de 200 cultivars ont été phénotypées pour la résistance à la feuille jaune, l'une à la Réunion et l'autre en Guadeloupe. Cette dernière a également été phénotypée pour la résistance à l'échaudure des feuilles. Les analyses d'associations ont été réalisées avec près de 4000 marqueurs (AFLP et DArT), avec différents modèles prenant en compte la structure de la population et les apparentements entre individus. Les marqueurs les plus robustes ont été sélectionnés à un risque d'erreur calculé sur l'ensemble du génome. Une étude de diversité a été réalisée sur un panel de clones ancestraux pour déterminer l'origine spécifique des marqueurs. Ces analyses ont permis d'identifier 23 marqueurs associés à la résistance à l'échaudure des feuilles, et 30 marqueurs associés à la résistance à la feuille jaune, présentant des R2 individuels de 2,2 à 4%. Des sous-ensembles de 6 à 10 marqueurs expliquent 36 à 51% de la variation phénotypique. La majorité des sources de résistance et de sensibilité est issue de l'espèce sauvage S. spontaneum. thesis info:eu-repo/semantics/doctoralThesis Thesis info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://agritrop.cirad.fr/567627/1/document_567627.pdf application/pdf Cirad license info:eu-repo/semantics/openAccess https://agritrop.cirad.fr/mention_legale.html |
institution |
CIRAD FR |
collection |
DSpace |
country |
Francia |
countrycode |
FR |
component |
Bibliográfico |
access |
En linea |
databasecode |
dig-cirad-fr |
tag |
biblioteca |
region |
Europa del Oeste |
libraryname |
Biblioteca del CIRAD Francia |
language |
fre |
topic |
F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Saccharum officinarum Xanthomonas albilineans virus des végétaux résistance génétique résistance aux maladies marqueur génétique génétique des populations polyploïdie génome phénotype variation génétique relation hôte pathogène clone variété maladie systémique http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6727 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_27422 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5985 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_35130 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2328 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24030 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34326 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6094 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3224 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5776 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_15975 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34017 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1678 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_8157 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7580 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6543 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3406 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3081 F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Saccharum officinarum Xanthomonas albilineans virus des végétaux résistance génétique résistance aux maladies marqueur génétique génétique des populations polyploïdie génome phénotype variation génétique relation hôte pathogène clone variété maladie systémique http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6727 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_27422 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5985 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_35130 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2328 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24030 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34326 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6094 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3224 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5776 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_15975 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34017 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1678 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_8157 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7580 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6543 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3406 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3081 |
spellingShingle |
F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Saccharum officinarum Xanthomonas albilineans virus des végétaux résistance génétique résistance aux maladies marqueur génétique génétique des populations polyploïdie génome phénotype variation génétique relation hôte pathogène clone variété maladie systémique http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6727 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_27422 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5985 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_35130 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2328 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24030 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34326 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6094 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3224 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5776 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_15975 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34017 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1678 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_8157 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7580 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6543 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3406 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3081 F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Saccharum officinarum Xanthomonas albilineans virus des végétaux résistance génétique résistance aux maladies marqueur génétique génétique des populations polyploïdie génome phénotype variation génétique relation hôte pathogène clone variété maladie systémique http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6727 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_27422 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5985 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_35130 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2328 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24030 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34326 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6094 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3224 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5776 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_15975 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34017 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1678 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_8157 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7580 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6543 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3406 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3081 Rocher, Solen Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus) |
description |
Les cultivars modernes de canne à sucre ont un génome particulièrement complexe, polyploïde et aneuploïde. Ils dérivent de croisements impliquant un nombre réduit de clones ancestraux (Saccharum officinarum et S. spontaneum), ayant pour conséquence un déséquilibre de liaison (DL) appréciable chez ces cultivars. Ce travail vise à confirmer la faisabilité d'études d'associations exploitant le DL, afin d'identifier des allèles impliqués dans le déterminisme de la résistance à deux maladies : la feuille jaune (ac. Sugarcane Yellow Leaf Virus), et l'échaudure des feuilles (ac. X. albilineans). Deux populations de près de 200 cultivars ont été phénotypées pour la résistance à la feuille jaune, l'une à la Réunion et l'autre en Guadeloupe. Cette dernière a également été phénotypée pour la résistance à l'échaudure des feuilles. Les analyses d'associations ont été réalisées avec près de 4000 marqueurs (AFLP et DArT), avec différents modèles prenant en compte la structure de la population et les apparentements entre individus. Les marqueurs les plus robustes ont été sélectionnés à un risque d'erreur calculé sur l'ensemble du génome. Une étude de diversité a été réalisée sur un panel de clones ancestraux pour déterminer l'origine spécifique des marqueurs. Ces analyses ont permis d'identifier 23 marqueurs associés à la résistance à l'échaudure des feuilles, et 30 marqueurs associés à la résistance à la feuille jaune, présentant des R2 individuels de 2,2 à 4%. Des sous-ensembles de 6 à 10 marqueurs expliquent 36 à 51% de la variation phénotypique. La majorité des sources de résistance et de sensibilité est issue de l'espèce sauvage S. spontaneum. |
format |
thesis |
topic_facet |
F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Saccharum officinarum Xanthomonas albilineans virus des végétaux résistance génétique résistance aux maladies marqueur génétique génétique des populations polyploïdie génome phénotype variation génétique relation hôte pathogène clone variété maladie systémique http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6727 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_27422 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5985 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_35130 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2328 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24030 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34326 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6094 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3224 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5776 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_15975 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34017 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1678 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_8157 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_7580 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6543 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3406 http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3081 |
author |
Rocher, Solen |
author_facet |
Rocher, Solen |
author_sort |
Rocher, Solen |
title |
Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus) |
title_short |
Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus) |
title_full |
Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus) |
title_fullStr |
Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus) |
title_full_unstemmed |
Etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (Saccharum spp.) : Analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (Xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (Sugarcane Yellow Leaf Virus) |
title_sort |
etudes d'associations pan-génomiques chez la canne à sucre (saccharum spp.) : analyse de la résistance à l'échaudure des feuilles (xanthomonas albilineans) et à la maladie de la feuille jaune (sugarcane yellow leaf virus) |
publisher |
UM2 |
url |
http://agritrop.cirad.fr/567627/ http://agritrop.cirad.fr/567627/1/document_567627.pdf |
work_keys_str_mv |
AT rochersolen etudesdassociationspangenomiqueschezlacanneasucresaccharumsppanalysedelaresistancealechauduredesfeuillesxanthomonasalbilineansetalamaladiedelafeuillejaunesugarcaneyellowleafvirus |
_version_ |
1792498398130077696 |