Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular.
O feijão-caupi é uma planta importante na nutrição e na economia de pequenos produtores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. Entretanto, sua produtividade ainda é pequena, quando comparada com seu potencial e o de outras leguminosas. Uma das alternativas para auxiliar o melhoramento genético da cultura e associar tecnologias modernas, como o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR) e a identificação de genes importantes em resposta a estresses, via estudos de transcriptômica, proporcionados pela técnica SuperSAGE. Nesse sentido, tags SuperSAGE de 26 pb, de genótipo tolerante a desidratação radicular, que foram observadas sendo induzidas após aplicação do estresse (até 150 min), em relação ao controle sem estresse, foram ancoradas em ESTs de feijão-caupi. Essas ESTs contendo as tags induzidas foram mineradas quanto à presença de motivos SSR. Os motivos identificados em 135 ESTs permitiram desenhar pares de primers para desenvolvimento de marcadores moleculares SSR, agora baseados em DNA, e não mais anônimos, visando aproveitar esse tipo de polimorfismos para genotipagem de materiais do melhoramento. Sua associação com resposta a estresses está sendo investigada.
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2013-08-29
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dig-alice-doc-9650912017-08-16T00:55:34Z Mineração de motivos SSR em sequências expressas de feijão-caupi contendo TAGS supersage diferecialmente expressas sob desidratação radicular. SANTOS, R. BASANTE, C. FERREIRA NETO, J. R. C. PANDOLFI, V. ROCHA, M. de M. SILVA, K. J. D. e NEPOMUCENO, A. BRONDANI, R. P. V. BENKO-ISEPPON, A. M. KIDO, E. A. RENATO SANTOS, UFPE; CAROLINA BASANTE, UFRPE; JOSÉ R. C. FERREIRA NETO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; MAURISRAEL DE MOURA ROCHA, CPAMN; KAESEL JACKSON DAMASCENO E SILVA, CPAMN; ALEXANDRE NEPOMUCENO, CNPSO; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF; ANA M. BENKO-ISEPPON, UFPE; EDERSON A. KIDO, UFPE. Estresse abiótico Biblioteca genômica Bioinformática. Vigna Unguiculata. O feijão-caupi é uma planta importante na nutrição e na economia de pequenos produtores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. Entretanto, sua produtividade ainda é pequena, quando comparada com seu potencial e o de outras leguminosas. Uma das alternativas para auxiliar o melhoramento genético da cultura e associar tecnologias modernas, como o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR) e a identificação de genes importantes em resposta a estresses, via estudos de transcriptômica, proporcionados pela técnica SuperSAGE. Nesse sentido, tags SuperSAGE de 26 pb, de genótipo tolerante a desidratação radicular, que foram observadas sendo induzidas após aplicação do estresse (até 150 min), em relação ao controle sem estresse, foram ancoradas em ESTs de feijão-caupi. Essas ESTs contendo as tags induzidas foram mineradas quanto à presença de motivos SSR. Os motivos identificados em 135 ESTs permitiram desenhar pares de primers para desenvolvimento de marcadores moleculares SSR, agora baseados em DNA, e não mais anônimos, visando aproveitar esse tipo de polimorfismos para genotipagem de materiais do melhoramento. Sua associação com resposta a estresses está sendo investigada. 2013-08-29T11:11:11Z 2013-08-29T11:11:11Z 2013-08-29 2013 2014-04-09T11:11:11Z Parte de livro In: CONGRESSO NACIONAL DE FEIJÃO-CAUPI, 3., 2013, Recife. Feijão-Caupi como alternativa sustentável para os sistemas produtivos familiares e empresariais. Recife: IPA, 2013. http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/965091 pt_BR por openAccess p. 1-5. |
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O feijão-caupi é uma planta importante na nutrição e na economia de pequenos produtores das regiões Norte e Nordeste do Brasil. Entretanto, sua produtividade ainda é pequena, quando comparada com seu potencial e o de outras leguminosas. Uma das alternativas para auxiliar o melhoramento genético da cultura e associar tecnologias modernas, como o desenvolvimento de marcadores moleculares do tipo microssatélites (SSR) e a identificação de genes importantes em resposta a estresses, via estudos de transcriptômica, proporcionados pela técnica SuperSAGE. Nesse sentido, tags SuperSAGE de 26 pb, de genótipo tolerante a desidratação radicular, que foram observadas sendo induzidas após aplicação do estresse (até 150 min), em relação ao controle sem estresse, foram ancoradas em ESTs de feijão-caupi. Essas ESTs contendo as tags induzidas foram mineradas quanto à presença de motivos SSR. Os motivos identificados em 135 ESTs permitiram desenhar pares de primers para desenvolvimento de marcadores moleculares SSR, agora baseados em DNA, e não mais anônimos, visando aproveitar esse tipo de polimorfismos para genotipagem de materiais do melhoramento. Sua associação com resposta a estresses está sendo investigada. |
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RENATO SANTOS, UFPE; CAROLINA BASANTE, UFRPE; JOSÉ R. C. FERREIRA NETO, UFPE; VALESCA PANDOLFI, UFPE; MAURISRAEL DE MOURA ROCHA, CPAMN; KAESEL JACKSON DAMASCENO E SILVA, CPAMN; ALEXANDRE NEPOMUCENO, CNPSO; ROSANA PEREIRA VIANELLO, CNPAF; ANA M. BENKO-ISEPPON, UFPE; EDERSON A. KIDO, UFPE. |
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