Análise filogenética de Lentivirus de pequenos ruminantes isolados do Ceará.

CAEV e MVV têm sido considerados geneticamente distintos, mas antigenicamente relacionados como patógenos de caprinos e ovinos. Além disso, foi demonstrado que estes vírus estão constantes e facilmente transgredindo a barreira entre caprinos e ovinos, com lentivirus CAEV infectando ovinos e lentiírus MVV infectando caprinos (Valas et al., 2000; Karr et al., 1996; Shah et al., 2004). Assim como todos os lentivírus, o genoma de CAEV tem uma alta taxa de mutação e o seu grau de heterogeneidade pode estar relacionado com a baixa fidelidade de transcriptase reversa, que carece da atividade de leitura da enzima exonuclease. A análise genética de Lentivírus de Pequenos Ruminantes (LVPRs) poderá ajudar a compreender a genética, proteínas e antigenicidade destes vírus; sua patogênese, epidemiologia, relações filogenéticas e, assim, a sua inclusão nos subgrupos de LVPRs recentemente criado (Shah et al., 2004a). Também pode ser relevante para o desenvolvimento de testes de diagnósticos sensíveis à raça local. A aplicação da análise filogenética para sequencias de CAEV e MVV é de crucial importância para a análise epidemiológica de infecções por LVPRs e para estudar possíveis diferenças na virulência entre estirpes de LVPRs circulantes. O principal objetivo deste trabalho foi estabelecer a filogenia de LVPRs como base para futuros estudos em epidemiologia molecular de lentivirais de pequenos ruminantes no Nordeste do Brasil em caprinos de rebanho leiteiro, com particular interesse no acompanhamento dos efeitos dos programas de erradicação em curso e futuros sobre a distribuição linhagens de LVPRs. Neste estudo, 250 caprinos foram analisados utilizando a técnica de IDGA, a soroprevalência deste rebanho foi de 4,4% de positivos. Seis caprinos positivos por IDGA com ou sem alteração nas articulações foram analisados por PCR, que amplificou parte do gene gag. Todos os animais foram positivos, apesar de três deles não terem sinais clínicos ou alteração nas articulações. Nós seqüenciamos o gene gag de quatro lentivírus isolados do norteste do Brasil de caprinos naturalmente infectados. Comparações de pareamentos entre sequencias do gene gag de linhagens brasileiras com sequencias do GenBank demonstraram que nossas sequencias estão mais relacionadas com linhagens caprinas que ovinas. Outras análises filogenéticas do gene gag confirmaram sua classificação inicial e mostrarm que eles constituem o subtipo B1 do grupo de CAEV. A análise das sequencias também mostrou que os vírus permaneceram geneticamente estáveis, apesar do tempo de evolução estar estimado em 20 anos. Neste artigo nós também indicamos que futuros estudos filogenéticos devem ser realizados com sequencias pol ou env, pois a região gag, por ser altamente preservada, retém menos sinais filogenéticos. Abstract - CAEV and MVV have been considered as genetically distinct but antigenically related pathogens of goats and sheep. Indeed, it was demonstrated that these viruses are constantly and easily transgressing the species barrier between goats and sheep ending with sheep harboring CAEV-like lentiviruses and goats infected with MVV-like viruses (Valas et al., 2000; Karr et al., 1996; Shah et al., 2004). Like all lentiviruses, CAEV genome has a high mutation rate and the extent of its heterogeneity may be related to low fidelity of reverse transcriptase which lacks the proof reading exonuclease activity. A genetic analysis of these SRLV may further help to understand the genetic, proteic and antigenic make-up of these viruses; their pathogenesis, epidemiology, phylogenetic relationships; and thus, their allocation into the recently established SRLV groups (Shah et al., 2004a). It may also be relevant for developing local-breed sensitive diagnostic tests. The application of phylogenetic analysis to CAEV and MVV sequences is of pivotal importance for this type of epidemiological analysis of SRLV infections in small ruminants and to study potential differences in virulence between circulating SRLV strains. The principal aim of this work was to establish a SRLV phylogeny as a basis for future studies of the molecular epidemiology of lentiviral infections in Northeast of Brazil dairy goat herds, with particular interest in monitoring the effects of ongoing and future eradication programs on the distribution of SRLV strains. In this study, one flock of 250 goat was analized using AGID, the seroprevalence in these flocks was 4,4% of positive tested sera. Six goats positive to AGID with and without alteration in the knee joint were analyzed using a PCR, which amplifies part of the gag gene. All the animals were found to be positive, despite the fact that three no had clinical signs or alteration in the knee joint. We determined the nucleotide sequences of gag gene from 4 Brazilian lentivirus isolates from naturally infected goats. Pairwise comparisons between the four gag gene sequence Brazil SRLV strains with the GenBank, demonstrating our sequences were closer to the caprine rather than the ovine strains. Further phylogenetic analysis of the proviral gag sequences confirmed the initial classification and showed that they constituted the Sbtipo B1 of the CAEV group. The sequence analyses also showed that the virus had remained genetically relatively stable, in spite of the time given for virus evolution, an estimated 20 years. In this paper, we indicate that future phylogenetic studies should rather be done on the pol or env regions than in the gag region, by be highly preserved retains less phylogenetic signal.