Fenômica e integração de transcritômica e metabolômica na análise das respostas de Gliricidia sepium (JACQ.) STEUD. e Portulaca oleracea L. ao estresse salino.
A salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de eletrospray em ESI (+) - MS e ESI (-) - MS. Os dados adquiridos foram pré-processados usando o XCMS Online e posteriormente exportados para o MetaboAnalyst para análises estatísticas, anotação e observação das vias metabólicas. A plataforma Omics Fusion, foi utilizada para realizar a análise integrativa entre transcritos e metabólitos. Os resultados alcançados permitiram correlacionar e diferenciar grupos de plantas submetidas ao estresse salino, revelando genes / transcritos, metabólitos e vias responsivas a este estresse tanto em gliricídia, quanto em beldroega.
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Published: |
2022-05-10
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Subjects: | Estresse Abiótico, Multi-ômica, Salinidade, |
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dig-alice-doc-11428132022-05-10T14:13:18Z Fenômica e integração de transcritômica e metabolômica na análise das respostas de Gliricidia sepium (JACQ.) STEUD. e Portulaca oleracea L. ao estresse salino. SILVA, T. L. C. da THALLITON LUIZ CARVALHO DA SILVA, Universidade Federal de Lavras, Lavras, MG. Estresse Abiótico Multi-ômica Salinidade A salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de eletrospray em ESI (+) - MS e ESI (-) - MS. Os dados adquiridos foram pré-processados usando o XCMS Online e posteriormente exportados para o MetaboAnalyst para análises estatísticas, anotação e observação das vias metabólicas. A plataforma Omics Fusion, foi utilizada para realizar a análise integrativa entre transcritos e metabólitos. Os resultados alcançados permitiram correlacionar e diferenciar grupos de plantas submetidas ao estresse salino, revelando genes / transcritos, metabólitos e vias responsivas a este estresse tanto em gliricídia, quanto em beldroega. Dissertação apresentada à Universidade Federal de Lavras, como parte das exigências do Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia Vegetal, área de concentração em Biotecnologia Vegetal, para a obtenção do título de Mestre. Orientador: Manoel Teixeira Souza Junior, pesquisador da Embrapa Agroenergia. Coorientador: Leonardo Fonseca Valadares, pesquisador da Embrapa Agroenergia. 2022-05-10T14:13:05Z 2022-05-10T14:13:05Z 2022-05-10 2021 Teses Lavras, MG: Universidade Federal de Lavras, 2021. http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1142813 Portugues pt_BR openAccess |
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A salinidade do solo é um dos estresses abióticos que mais ameaçam a agricultura. Este estresse está presente em mais de 100 países ao redor do mundo. Devido a estimativa de um aumento populacional mundial para cerca de 9 bilhões de pessoas em 2050 e, consequentemente, um aumento da demanda por produtos agrícolas, a pressão para a utilização dessas áreas tem aumentado. O objetivo geral do presente estudo foi aplicar estratégias de análise individual e integrada de dados ômicos provenientes de transcritômica e metabolômica visando ganhar conhecimento sobre os mecanismos moleculares responsáveis pela tolerância à salinidade observada em Gliricidia sepium e Portulaca oleracea. Para tal, foram utilizados dados do banco de dados ?Sal da Terra?, pertencentes ao programa de PD&I de mesmo nome desenvolvido na Embrapa Agroenergia, que contempla dados de fenômica, ionômica, genômica, transcritômica (mRNA e microRNA), metabolômica e proteômica caracterizando a resposta de dendê (Elaeis guineensis), beldroega (Portulaca oleracea) e gliricídia (Gliricidia sepium) ao estresse salino. As amostras do transcritoma foram submetidas a uma análise de RNA-Seq usando uma plataforma Illumina HiSeq e a estratégia ?paired-end?, a análise dos dados foi feita com o software OmicsBox versão 1.3. As amostras de metaboloma foram analisadas em um sistema UHPLC equipado com uma coluna de fase reversa. A espectrometria de massa de alta resolução (HRMS) foi realizada em um analisador Q-TOF usando fonte de eletrospray em ESI (+) - MS e ESI (-) - MS. Os dados adquiridos foram pré-processados usando o XCMS Online e posteriormente exportados para o MetaboAnalyst para análises estatísticas, anotação e observação das vias metabólicas. A plataforma Omics Fusion, foi utilizada para realizar a análise integrativa entre transcritos e metabólitos. Os resultados alcançados permitiram correlacionar e diferenciar grupos de plantas submetidas ao estresse salino, revelando genes / transcritos, metabólitos e vias responsivas a este estresse tanto em gliricídia, quanto em beldroega. |
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