Molecular characterization of Frankia isolates from Casuarina equisetifolia root nodules harvested in West Africa (Senegal and Gambia)
Plus de soixante souches de Frankia ont été isolées à partir de nodules de Casuarina equisetifolia récoltés au Sénégal et en Gambie. Dans le but de caractériser rapidement ces isolats, nous avons développé une série de tests basés sur une extraction rapide de l'ADN de Frankia à partir de cultures pures, suivie d'une amplification par PCR au niveau des gènes nif et des gènes rrn. Les ADN amplifiés dans la région nif H/nif D sont hybridés à 2 différentes sondes oligonucléotidiques, l'une reconnaissant les souches typiques et l'autre spécifique de la souche atypique D 11. Les ADN amplifiés dans la région IGS ( Inter Genic Spacer) entre les gènes 16S et 23S sont digérés par une endonueléase de restriction. Les résultats obtenus après hybridation de type dot-blot ainsi que les profils de restriction dans la zone IGS, indiquent que toutes les souches testées sont semblables entre elles et proches taxonomiquement de la souche de référence CeD, souche typique isolée de C. equisetifolia au Sénégal.
| Main Authors: | , , |
|---|---|
| Format: | article biblioteca |
| Language: | eng |
| Subjects: | P34 - Biologie du sol, K10 - Production forestière, Casuarina equisetifolia, Frankia, hybridation, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_23907, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_23923, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_3706, |
| Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/391192/ |
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| Summary: | Plus de soixante souches de Frankia ont été isolées à partir de nodules de Casuarina equisetifolia récoltés au Sénégal et en Gambie. Dans le but de caractériser rapidement ces isolats, nous avons développé une série de tests basés sur une extraction rapide de l'ADN de Frankia à partir de cultures pures, suivie d'une amplification par PCR au niveau des gènes nif et des gènes rrn. Les ADN amplifiés dans la région nif H/nif D sont hybridés à 2 différentes sondes oligonucléotidiques, l'une reconnaissant les souches typiques et l'autre spécifique de la souche atypique D 11. Les ADN amplifiés dans la région IGS ( Inter Genic Spacer) entre les gènes 16S et 23S sont digérés par une endonueléase de restriction. Les résultats obtenus après hybridation de type dot-blot ainsi que les profils de restriction dans la zone IGS, indiquent que toutes les souches testées sont semblables entre elles et proches taxonomiquement de la souche de référence CeD, souche typique isolée de C. equisetifolia au Sénégal. |
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