Caracterização da diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira.
A seringueira (Hevea brasiliensis) é uma planta popularmente conhecida por ser a principal fonte de borracha natural. Assim, é fundamental que este recurso genético esteja devidamente avaliado e caracterizado. O objetivo desse trabalho foi caracterizar por meio de marcadores microssatélites a diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira da Embrapa Amazônia Ocidental, Embrapa Amazônia Oriental e Embrapa Cerrados. Foram amostrados 318 acessos, pertencentes às espécies Hevea brasiliensis, Hevea pauciflora, Hevea rigidifolia e híbridos interespecíficos. Foram testados 10 marcadores microssatélites. Os produtos amplificados foram genotipados em sequenciador automático. As estimativas genéticas estimadas foram: heterozigosidade esperada (HE) e observada (HO), número de alelos por loco e conteúdo de informação polimórfica (PIC). Os dados genéticos foram utilizados para verificar a estruturação dos genótipos, agrupamento pelo método de Neighbor-Joining, dispersão por coordenadas principais e formação de uma coleção nuclear. Os dez locos microssatélites revelaram 348 alelos. As médias de HE, HO e PIC foram de 0,86, 0,63 e 0,86, respectivamente. Os marcadores microssatélites de H. brasiliensis foram potencialmente transferíveis para H. pauciflora e H. rigidifolia. As distâncias genéticas entre o acesso de Hevea spp. variaram de 0,16 a 0,94. A coleção nuclear formada por 59 genótipos representou 85% da diversidade alélica total. Conclui-se que o polimorfismo foi alto entre os genótipos avaliados. As espécies de Hevea compartilham homologias em regiões flanqueadoras de microssatélites. As distâncias genéticas demonstraram alta variabilidade entre os acessos amostrados. A coleção nuclear constituiu-se de 19% do número total de acessos. The rubber tree (Hevea brasiliensis) is a plant popularly known for being the main source of natural rubber. It is therefore essential that this genetic resource is properly evaluated and characterized. The objective of this work was to evaluate by microsatellite markers the genetic diversity of accesses of the rubber germplasm bank of Embrapa Amazônia Ocidental, Embrapa Amazonia Oriental and Embrapa Cerrados. It was used 318 accessions, belonging to the species Hevea brasiliensis, Hevea pauciflora, Hevea rigidifolia and interspecific hybrids. Ten microsatellite markers were tested. The amplified products were genotyped in an automated sequencer. The estimated genetic estimates were: expected heterozygosity (HE) and observed (HO), number of alleles per locus and content of polymorphic information (PIC). Genetic data were used to verify the structure of the genotypes, grouping by the Neighbor-Joining method, dispersion by main coordinates and formation of a nuclear collection. The ten microsatellite loci revealed 348 alleles. The mean values of HE, HO and PIC were 0.86, 0.63 and 0.86, respectively. The microsatellites markers of H. brasiliensis were potentially transferable to H. pauciflora and H. rigidifolia. The genetic distances between the access of Hevea spp. ranged from 0.16 to 0.94. The nuclear collection of 59 genotypes represented 85% of the total allelic diversity. It was concluded that the polymorphism was high among the evaluated genotypes. Hevea species share homologies in microsatellite flanking regions. The genetic distances showed high variability among the accessions sampled. The nuclear collection constituted 19% of the total number of accesses.
| Main Author: | |
|---|---|
| Other Authors: | |
| Format: | Teses biblioteca |
| Language: | pt_BR por |
| Published: |
2018-05-03
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| Subjects: | Marcador microssatélite, Ruber tree, Árbol de goma, Hevea pauciflora, Hevea rigidifolia, Fitomejoramiento, Variación genética, Marcadores genéticos, Repeticiones de microsatélite, Seringueira, Hevea Brasiliensis, Melhoramento Genético Vegetal, Variação Genética, Marcador Genético, Genótipo, Polimorfismo Genético, Plant breeding, Genetic variation, Genetic markers, Genotype, Genetic polymorphism, Microsatellite repeats, |
| Online Access: | http://www.alice.cnptia.embrapa.br/alice/handle/doc/1091127 |
| Tags: |
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| Summary: | A seringueira (Hevea brasiliensis) é uma planta popularmente conhecida por ser a principal fonte de borracha natural. Assim, é fundamental que este recurso genético esteja devidamente avaliado e caracterizado. O objetivo desse trabalho foi caracterizar por meio de marcadores microssatélites a diversidade genética de acessos do banco de germoplasma de seringueira da Embrapa Amazônia Ocidental, Embrapa Amazônia Oriental e Embrapa Cerrados. Foram amostrados 318 acessos, pertencentes às espécies Hevea brasiliensis, Hevea pauciflora, Hevea rigidifolia e híbridos interespecíficos. Foram testados 10 marcadores microssatélites. Os produtos amplificados foram genotipados em sequenciador automático. As estimativas genéticas estimadas foram: heterozigosidade esperada (HE) e observada (HO), número de alelos por loco e conteúdo de informação polimórfica (PIC). Os dados genéticos foram utilizados para verificar a estruturação dos genótipos, agrupamento pelo método de Neighbor-Joining, dispersão por coordenadas principais e formação de uma coleção nuclear. Os dez locos microssatélites revelaram 348 alelos. As médias de HE, HO e PIC foram de 0,86, 0,63 e 0,86, respectivamente. Os marcadores microssatélites de H. brasiliensis foram potencialmente transferíveis para H. pauciflora e H. rigidifolia. As distâncias genéticas entre o acesso de Hevea spp. variaram de 0,16 a 0,94. A coleção nuclear formada por 59 genótipos representou 85% da diversidade alélica total. Conclui-se que o polimorfismo foi alto entre os genótipos avaliados. As espécies de Hevea compartilham homologias em regiões flanqueadoras de microssatélites. As distâncias genéticas demonstraram alta variabilidade entre os acessos amostrados. A coleção nuclear constituiu-se de 19% do número total de acessos. The rubber tree (Hevea brasiliensis) is a plant popularly known for being the main source of natural rubber. It is therefore essential that this genetic resource is properly evaluated and characterized. The objective of this work was to evaluate by microsatellite markers the genetic diversity of accesses of the rubber germplasm bank of Embrapa Amazônia Ocidental, Embrapa Amazonia Oriental and Embrapa Cerrados. It was used 318 accessions, belonging to the species Hevea brasiliensis, Hevea pauciflora, Hevea rigidifolia and interspecific hybrids. Ten microsatellite markers were tested. The amplified products were genotyped in an automated sequencer. The estimated genetic estimates were: expected heterozygosity (HE) and observed (HO), number of alleles per locus and content of polymorphic information (PIC). Genetic data were used to verify the structure of the genotypes, grouping by the Neighbor-Joining method, dispersion by main coordinates and formation of a nuclear collection. The ten microsatellite loci revealed 348 alleles. The mean values of HE, HO and PIC were 0.86, 0.63 and 0.86, respectively. The microsatellites markers of H. brasiliensis were potentially transferable to H. pauciflora and H. rigidifolia. The genetic distances between the access of Hevea spp. ranged from 0.16 to 0.94. The nuclear collection of 59 genotypes represented 85% of the total allelic diversity. It was concluded that the polymorphism was high among the evaluated genotypes. Hevea species share homologies in microsatellite flanking regions. The genetic distances showed high variability among the accessions sampled. The nuclear collection constituted 19% of the total number of accesses. |
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