Sélection génomique multivariée chez le palmier à huile
La sélection génomique (Meuwissen et al., 2001) s'impose aujourd'hui comme une méthode performante en amélioration des animaux d'élevage et des cultures. Le présent mémoire traite de l'utilisation de marqueurs SSR dans un programme de sélection récurrente réciproque du palmier à huile (Elaeis guineensis Jacq.), avec des données empiriques. Nous comparons différents modes de calculs de l'apparentement moléculaire à partir des données SSR afin d'optimiser le modèle G-BLUP. Nous montrons que le modèle G-BLUP basé sur la matrice d'apparentement d'Eding et Meuwissen (2001) est plus performant que le modèle BLUP basé sur le pédigrée, ou que le modèle G-BLUP basé sur une matrice d'apparentement de VanRaden (2007). Grâce à la variance d'erreur de prédiction (VEP), nous observons que le G-BLUP multivarié apporte une meilleure précision de sélection que le G-BLUP univarié pour prédire l'aptitude générale à la combinaison (AGC) des géniteurs lors d'un test génétique. Cependant la corrélation très forte entre les AGC prédites par les modèles univariés et multivariés est contradictoire avec l'amélioration élevée estimée par la formule de la VEP. Enfin, nous déterminons le nombre de marqueurs SSR minimal pour assurer les performances du modèle G-BLUP, mais aussi du modèle BayesB univarié. Nous observons que le modèle BayesB univarié fonctionne mieux à faible densité de marqueurs SSR que le modèle G-BLUP. Nous constatons également que la densité de marqueurs minimale à partir de laquelle les modèles génomiques surpassent le modèle basé sur le pédigrée dépend de la population (130 SSR pour le groupe A et 60 SSR pour le groupe B).
| Main Author: | |
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| Format: | thesis biblioteca |
| Language: | fre |
| Published: |
UM2
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| Subjects: | F30 - Génétique et amélioration des plantes, U10 - Informatique, mathématiques et statistiques, |
| Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/580995/ http://agritrop.cirad.fr/580995/1/MARCHAL_MM2_2014.pdf |
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