Apport de l'épidémiologie moléculaire et des approches inférentielles dans l'analyse de l'émergence et des routes d'invasion de Xanthomonas citri pv. citri en Afrique, bactérie responsable du Chancre asiatique des agrumes

La compréhension de l'émergence des maladies infectieuses végétales causées par les bactéries passe par l'identification des populations sources, des routes d'invasion et des voies de dissémination, ainsi que par l'estimation des paramètres biotiques et abiotiques associé s. Xanthomonas citri pv. citri (Xcc) est l'agent pathogène responsable du chancre Asiatique des agrumes. La bactérie est distribuée dans plusieurs pays agrumicoles du monde et listée comme organisme de quarantaine par ceux où elle est absente. Nous avons abordé l'épidémiologie moléculaire de Xcc à deux échelles spatio-temporelles grâce à un schéma de 14 microsatellites (MLVA-14) et un schéma de 31 marqueurs minisatellites (MLVA-31). Le typage MLVA-14 s'est montré adapté au génotypage d'une bactérie monomorphe comme Xcc. Le typage MLVA-31 a permis de diviser le pathovar Xcc en quatre groupes génétiques distincts correspondant aux différences de gammes d'hôtes mise en évidence chez cette bactérie. Le pathotype A (souches à large gamme d'hôtes parmi les rutacées) est séparé en deux groupes génétiques, tandis que les pathotypes A* et A w (souches à gamme d'hôtes restreinte au limettier Mexicain et quelques espèces proches) constituent chacun un groupe génétique. Alors que l'expansion géographique de Xcc depuis son aire d'origine dans la première moitié du XXème siècle a quasi exclusivement concerné un seul groupe génétique, trois des quatre groupes décrits ont contribué à l'émergence de Xcc en Afrique au cours de la dernière décennie. La bactérie est pré-adaptée et a été introduite avec son hôte depuis sa population d'origine, faisant de la barrière migratoire la seule étape à franchir pour rencontrer un succès d'invasion. L'objectif de cette thèse a été de décrire les différentes populations émergentes grâce à des approches d'épidémiologie moléculaire et inférentielles, et identifier les différentes origines, routes et acteurs de la dissémination. Nous avons dans un premier temps montré la coexistence de deux groupes génétiques distincts au Mali : DAPC1 qui est dispersé dans quatre provinces du pays et DAPC2 qui est resté cantonné à l'espace péri-urbain de Bamako. L'analyse de l'émergence de Xcc au Sénégal a révélé le succès invasif de DAPC2 dans un autre environnement. La structure des populations DAPC1 du Mali et D APC2 du Sénégal suggèrent que les plants de pépinières constituent une voie de dissémination majeure dans ces pays. A l'opposé, DAPC2 de Bamako n'est pas détecté en pépinières au Mali et n'a pas montré de caractère invasif. L'existence d'une population "tête de pont" invasive de souches DAPC1 au Mali donnant lieu à une épidémie au Burkina Faso a été mise en évidence par une approche ABC (calcul Bayésien approché). Les populations DAPC2 du Mali et du Sénégal ne présentent pas de lien épidémiologique direct mais partagent des liens de parenté avec des souches présentes dans le sous-continent Indien. Dans un deuxième temps, l'analyse d'une population de souches appartenant au pathotype A* en Ethiopie nous a permis de procéder à des estimations de paramètres démographiques, tels que les tailles efficaces. Nous avons montré que l'approche inférentielle nous permettait d'éclairer l'histoire démographique de Xcc dans un cas d'émergence, et de mettre en avant une dynamique saisonnière accentuant probablement le dés équilibre mutation-dérive lié à la situation d'émergence. L'émergence de Xcc en Afrique est principalement associée aux activités humaines. Sa dissémination locale et globale peut alors être considérablement limitée par des mesures de gestion plus stricte au niveau des pépinières et des flux de commerces.

Bibliographic Details

Main Author:	Leduc, Alice
Format:	thesis biblioteca
Language:	fre
Published:	Université de la Réunion
Subjects:	H20 - Maladies des plantes, Xanthomonas campestris citri, épidémiologie, Citrus, biologie moléculaire, dynamique des populations, distribution géographique, génétique des populations, marqueur génétique, variation génétique, pathotype, chancre, surveillance épidémiologique, contrôle de maladies, maladie infectieuse, plante de culture, maladie bactérienne, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_36120, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2615, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1637, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_4891, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6111, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5083, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34326, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24030, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_15975, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_24059, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1251, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_16411, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_2327, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_34024, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_1972, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_770, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_4540, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_6970, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_165, http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_8081,
Online Access:	http://agritrop.cirad.fr/580750/ http://agritrop.cirad.fr/580750/1/Th%C3%A8se%20Leduc%20Alice%20-%20Corrig%C3%A9e.pdf
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