Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique
Des analyses in silico nous ont permis d'identifier la présence de séquences endogènes d'espèces virales Caulimoviridae dans le génome de plantes mono- et dicotylédones tempérées et tropicales appartenant à 11 familles botaniques. Le génome complet de 11 espèces virales distinctes a été reconstitué à partir des séquences virales endogènes identifiées. L'analyse phylogénique de ces génomes montre qu'ils appartiennent à un nouveau genre monophylétique de la famille Caulimoviridae pour lequel nous proposons le nom de dionyvirus. L'organisation génétique des dionyvirus diffère de celles des autres membres connus de la famille Caulimoviridae. Nos données démontrent par ailleurs que certains dionyvirus ancestraux possédaient un génome bipartite, et qu'ils pourraient avoir joué un rôle dans l'evolution de virus primitifs vers les virus retrotranscrits actuels, qui ont des génomes monopartites. La cartographie des séquences endogènes dionyvirus a été réalisée à l'echelle des génomes complets du clémentinier, du pêcher, du peuplier, de la pomme de terre, du riz, de la tomate, du sorgho et de la vigne. L'´etude de la distribution de ces séquences montre qu'elles ont envahi le génome de nombreuses plantes, et que certaine d'entre elles constituent une partie importante du génome de ces plantes, parfois équivalente en proportion à celle de certains éléments transposables. L'identification de petits ARN interférents (siRNA) spécifiques de dionyvirus endogènes et leur cartographie sur les génomes viraux démontre pour sa part l'existence de mécanismes de régulation de l'expression de ces séquences virales endogènes et/ou leur possible rôle bénéfique dans des mécanismes de défense antivirale.
Main Authors: | , , , , , |
---|---|
Format: | conference_item biblioteca |
Language: | fre |
Published: |
SFP
|
Subjects: | F30 - Génétique et amélioration des plantes, H20 - Maladies des plantes, |
Online Access: | http://agritrop.cirad.fr/565383/ http://agritrop.cirad.fr/565383/1/document_565383.pdf |
Tags: |
Add Tag
No Tags, Be the first to tag this record!
|
id |
dig-cirad-fr-565383 |
---|---|
record_format |
koha |
spelling |
dig-cirad-fr-5653832022-05-03T14:50:43Z http://agritrop.cirad.fr/565383/ http://agritrop.cirad.fr/565383/ Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique. Geering A., Choisne Nathalie, Sclabrin S., Zytnicki Matthias, Quesneville Hadi, Teycheney Pierre-Yves. 2012. In : 8e colloque de la Société Française de Phytopathologie, 5 au 8 juin 2012,Paris, France : Livre des résumés. Attard Agnès (ed.), Barny Marie-Anne (ed.), Brisset Marie-Noelle (ed.), Cilas Christian (ed.), Dellagi Alia (ed.), Desprez-Loustau Marie-Laure (ed.), Expert Dominique (ed.), Fabre Frédéric (ed.), Fagard Mathilde (ed.), Fudal Isabelle (ed.), Genin Stéphane. SFP, INRA, CNRS. Paris : SFP, Résumé, 46. Congrès de la Société française de phytopathologie. 8, Paris, France, 5 Juin 2012/8 Juin 2012. Researchers Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique Geering, A. Choisne, Nathalie Sclabrin, S. Zytnicki, Matthias Quesneville, Hadi Teycheney, Pierre-Yves fre 2012 SFP 8e colloque de la Société Française de Phytopathologie, 5 au 8 juin 2012,Paris, France : Livre des résumés F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Des analyses in silico nous ont permis d'identifier la présence de séquences endogènes d'espèces virales Caulimoviridae dans le génome de plantes mono- et dicotylédones tempérées et tropicales appartenant à 11 familles botaniques. Le génome complet de 11 espèces virales distinctes a été reconstitué à partir des séquences virales endogènes identifiées. L'analyse phylogénique de ces génomes montre qu'ils appartiennent à un nouveau genre monophylétique de la famille Caulimoviridae pour lequel nous proposons le nom de dionyvirus. L'organisation génétique des dionyvirus diffère de celles des autres membres connus de la famille Caulimoviridae. Nos données démontrent par ailleurs que certains dionyvirus ancestraux possédaient un génome bipartite, et qu'ils pourraient avoir joué un rôle dans l'evolution de virus primitifs vers les virus retrotranscrits actuels, qui ont des génomes monopartites. La cartographie des séquences endogènes dionyvirus a été réalisée à l'echelle des génomes complets du clémentinier, du pêcher, du peuplier, de la pomme de terre, du riz, de la tomate, du sorgho et de la vigne. L'´etude de la distribution de ces séquences montre qu'elles ont envahi le génome de nombreuses plantes, et que certaine d'entre elles constituent une partie importante du génome de ces plantes, parfois équivalente en proportion à celle de certains éléments transposables. L'identification de petits ARN interférents (siRNA) spécifiques de dionyvirus endogènes et leur cartographie sur les génomes viraux démontre pour sa part l'existence de mécanismes de régulation de l'expression de ces séquences virales endogènes et/ou leur possible rôle bénéfique dans des mécanismes de défense antivirale. conference_item info:eu-repo/semantics/conferenceObject Conference info:eu-repo/semantics/publishedVersion http://agritrop.cirad.fr/565383/1/document_565383.pdf application/pdf Cirad license info:eu-repo/semantics/openAccess https://agritrop.cirad.fr/mention_legale.html http://agritrop.cirad.fr/565430/ |
institution |
CIRAD FR |
collection |
DSpace |
country |
Francia |
countrycode |
FR |
component |
Bibliográfico |
access |
En linea |
databasecode |
dig-cirad-fr |
tag |
biblioteca |
region |
Europa del Oeste |
libraryname |
Biblioteca del CIRAD Francia |
language |
fre |
topic |
F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes |
spellingShingle |
F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes Geering, A. Choisne, Nathalie Sclabrin, S. Zytnicki, Matthias Quesneville, Hadi Teycheney, Pierre-Yves Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique |
description |
Des analyses in silico nous ont permis d'identifier la présence de séquences endogènes d'espèces virales Caulimoviridae dans le génome de plantes mono- et dicotylédones tempérées et tropicales appartenant à 11 familles botaniques. Le génome complet de 11 espèces virales distinctes a été reconstitué à partir des séquences virales endogènes identifiées. L'analyse phylogénique de ces génomes montre qu'ils appartiennent à un nouveau genre monophylétique de la famille Caulimoviridae pour lequel nous proposons le nom de dionyvirus. L'organisation génétique des dionyvirus diffère de celles des autres membres connus de la famille Caulimoviridae. Nos données démontrent par ailleurs que certains dionyvirus ancestraux possédaient un génome bipartite, et qu'ils pourraient avoir joué un rôle dans l'evolution de virus primitifs vers les virus retrotranscrits actuels, qui ont des génomes monopartites. La cartographie des séquences endogènes dionyvirus a été réalisée à l'echelle des génomes complets du clémentinier, du pêcher, du peuplier, de la pomme de terre, du riz, de la tomate, du sorgho et de la vigne. L'´etude de la distribution de ces séquences montre qu'elles ont envahi le génome de nombreuses plantes, et que certaine d'entre elles constituent une partie importante du génome de ces plantes, parfois équivalente en proportion à celle de certains éléments transposables. L'identification de petits ARN interférents (siRNA) spécifiques de dionyvirus endogènes et leur cartographie sur les génomes viraux démontre pour sa part l'existence de mécanismes de régulation de l'expression de ces séquences virales endogènes et/ou leur possible rôle bénéfique dans des mécanismes de défense antivirale. |
format |
conference_item |
topic_facet |
F30 - Génétique et amélioration des plantes H20 - Maladies des plantes |
author |
Geering, A. Choisne, Nathalie Sclabrin, S. Zytnicki, Matthias Quesneville, Hadi Teycheney, Pierre-Yves |
author_facet |
Geering, A. Choisne, Nathalie Sclabrin, S. Zytnicki, Matthias Quesneville, Hadi Teycheney, Pierre-Yves |
author_sort |
Geering, A. |
title |
Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique |
title_short |
Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique |
title_full |
Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique |
title_fullStr |
Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique |
title_full_unstemmed |
Les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique |
title_sort |
les dionyvirus endogènes, composants majeurs du génome des plantes et fossiles de pararetrovirus à l'organisation génétique atypique |
publisher |
SFP |
url |
http://agritrop.cirad.fr/565383/ http://agritrop.cirad.fr/565383/1/document_565383.pdf |
work_keys_str_mv |
AT geeringa lesdionyvirusendogenescomposantsmajeursdugenomedesplantesetfossilesdepararetrovirusalorganisationgenetiqueatypique AT choisnenathalie lesdionyvirusendogenescomposantsmajeursdugenomedesplantesetfossilesdepararetrovirusalorganisationgenetiqueatypique AT sclabrins lesdionyvirusendogenescomposantsmajeursdugenomedesplantesetfossilesdepararetrovirusalorganisationgenetiqueatypique AT zytnickimatthias lesdionyvirusendogenescomposantsmajeursdugenomedesplantesetfossilesdepararetrovirusalorganisationgenetiqueatypique AT quesnevillehadi lesdionyvirusendogenescomposantsmajeursdugenomedesplantesetfossilesdepararetrovirusalorganisationgenetiqueatypique AT teycheneypierreyves lesdionyvirusendogenescomposantsmajeursdugenomedesplantesetfossilesdepararetrovirusalorganisationgenetiqueatypique |
_version_ |
1758023387772354560 |