Identificação rapida de marcadores SSR polimorficos em Coffea arabica : [Resumo]

Marcadores moleculares SSR são ferramentas importantes nos estudos de diversidade e caracterização de bancos de germoplasma de plantas cultivadas. Entretanto, a identificação de um conjunto mínimo de SSR úteis para discriminar os diferentes genótipos pode implicar na análise de um grande número de marcadores. Em #Coffea arabica# a maioria desses marcadores apresentam um baixo padrão de polimorfismo, o que constitui um dos principais gargalos para os estudos de caracterização genotípica do germoplasma da espécie. O objetivo deste trabalho foi desenvolver uma metodologia de avaliação rápida de SSR visando identificar marcadores polimórficos com um número mínimo de processos de genotipagem. A metodologia empregada constitui numa adaptação da técnica BSA (Bulk Segregant Analysis) utilizada comumente para identificar associações entre marcadores e genes qualitativos em populações biparentais. Para identificar os SSRs polimórficos de uma população de 130 genótipos da Etiópia, centro de origem de #C. arabica#, foram constituídos, com base em dados de diversidade fenotípica, três grupos para análise: um com 6 plantas representando genótipos do leste, outro com 8 plantas representando genótipos do oeste do Vale do Rift e um terceiro grupo representado por um único genótipo. Para cada marcador SSR foram realizadas três reações de amplificação a partir de "pools" formados pelo material genético dos grupos. Em uma única placa de 96 poços foi possível avaliar o polimorfismo de 32 marcadores. Os marcadores que apresentaram um padrão polimórfico entre os grupos foram então avaliados no painel de genótipos em estudo. Para efeitos de comparação entre a genotipagem padrão e a adaptação proposta neste trabalho foram estimados o número de reações de amplificação e de géis de poliacrilamida gastos para a avaliação de 100 SSR em um painel de 24 genótipos considerando uma margem de 10% de marcadores polimórficos. Pelo processo normal de genotipagem, seriam necessários 2400 reações de amplificação e 100 géis de poliacrilamida (24 amostras por gel) enquanto que, utilizando a estratégia dos grupos foram necessários 540 reações de amplificação e 33 géis de poliacrilamida, o que representou uma redução de 4.4 vezes no número de reações e de 3 vezes no número de géis além de um ganho considerável no tempo necessário para realizar as análises. Esta abordagem utilizando a formação de grupos é uma estratégia viável para identificação de marcadores polimórficos em populações para as quais se tenham informações prévias como dados de origem, dados fenotípicos como é o caso da coleção de acessos da Etiópia de #C. arabica# existente no banco do IAPAR-PR fornecendo informações rápidas e de maneira mais econômica para os estudos de diversidade e mapeamento associativo da coleção. Apoio financeiro: CNPq, CIRAD, IAPAR, INCT. (Texte intégral)

Bibliographic Details

Main Authors:	Ferreira, R.V., Santos, M.A., Charmetant, Pierre, Marraccini, Pierre, Leroy, Thierry, Vieira, Luiz Gonzaga Esteves, Sera, T., Pereira, Luiz Filipe P., Pot, David
Format:	conference_item biblioteca
Language:	por
Published:	s.n.
Subjects:	F30 - Génétique et amélioration des plantes,
Online Access:	http://agritrop.cirad.fr/558705/ http://agritrop.cirad.fr/558705/1/document_558705.pdf
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